Понимая, что для достижения побед необходим баланс, Монтедземоло приступил к осуществлению второго этапа плана по руководству Ferrari. Им стала разработка быстрой машины и одновременное привлечение в команду людей квалифицированных, решительных и обладающих умением держать в узде свое эго и создавать при этом достаточно крепкую химию, способную привести команду к победам. Потребовалось восемь лет, но Монтедземоло достиг цели: Ferrari вошла в анналы истории как самая успешная команда всех времен.
1999 год стал точкой водораздела. Ferrari стала прибыльной благодаря увеличению производства автомобилей и огромным гонорарам, получаемым от лицензирования бренда Ferrari для производителей люксовых товаров; однако гоночная команда все еще терпела неудачи на всех уровнях и была не в состоянии бороться за подиумы. Но институциональные и управленческие реформы Монтедземоло вскоре начали приносить свои плоды.
Когда в 1993 году в команду пришел Жан Тодт — он был нанят в качестве директора команды, — он заложил основу для позитивных изменений. Благодаря упорству и проницательной способности окружать себя чрезвычайно талантливыми людьми, Тодт собрал команду-мечту из инженеров, включавшую в себя и Росса Брауна, а самой Ferrari удалось, наконец, переманить Михаэля Шумахера из Benetton. В 1997 году родился триумвират, аналогов которому индустрия еще не видела. Под руководством Монтедземоло Тодт, Браун и Шумахер убедили Рори Бирна присоединиться к ним в качестве главного конструктора, закрыв последнюю позицию, необходимую для достижения успеха. Эта разнообразная, но сплоченная группа мужчин контролировала все аспекты существования гоночной команды Ferrari, что привело к беспрецедентным результатам: 6 Кубкам Конструкторов и 5 чемпионским титулам подряд. С 1999 по 2004 год Ferrari казалась непобедимой.
На фоне растущей прибыли и тотального доминирования Ferrari в гонках видение и стиль управления Монтедземоло смотрелись безупречно, однако, как известно большинству инсайдеров, ты хорош ровно настолько, насколько хороши твои последние результаты, твоя последняя победа или сезон, и, к сожалению, 2005 год ознаменовался началом конца эпохи превосходства Ferrari в Формуле-1.
С 2005-го в Формуле-1 ввели правило, которое — хотя об этом не говорилось прямо — было направлено, в частности, на ограничение господства «Ferrari» в спорте. После почти шести лет постоянных побед конюшни гонки утратили свою непредсказуемость, а среди зрителей стало нарастать недовольство кажущейся «монополией» пилотов «Ferrari» на подиумы. Под видом простого технического изменения в регламенте Формулы-1 вышел указ, предписывавший использование шин, способных выдержать активное использование на протяжении всей дистанции гонки. Поскольку в Ferrari в значительной степени полагались на шины Bridgestone, неоднократно взрывавшиеся при сильном износе, это новое правило дало серьезное преимущество командам-клиентам Michelin, чьи шины демонстрировали лучшую выносливость на дистанции. Результат нововведения был таким — «Ferrari» с Шумахером за рулем выиграла в тот год только Гран-при США, да и то лишь потому, что другие топ-команды отказались от участия в заезде из-за проблем с безопасностью шин Michelin, по причинам которых выход на старт был как минимум рисковым решением. Эта ситуация укрепила позицию FIA по шинам на 2007 год: организация обязывала все команды использовать шины одного производителя, чтобы, таким образом, можно было гарантировать, что они выдержат всю дистанцию гонки. Ferrari, растеряв свой победный импульс, не смогла быстро оправиться.