Самый важный элемент разрушения, поднятый в фильме, – это наступление «Третьего удара», мистического апокалиптического момента, который уничтожит человечество. Это событие проводится еще одной секретной организацией, известной как SEELE (немецкое слово, означающее «душа»). NERV пытается работать против них, но SEELE создал свою собственную группу из девяти Ев, чтобы опустошить NERV, уничтожить троих детей и вызвать Третий удар.

Важность Третьего удара состоит в том, что это не deus ex machina с неба, а нечто, порожденное людьми против других людей. Таким образом, большая часть действия фильма сосредоточена вокруг человеческого героизма и трагедии кровавого разрушения NERV солдатами SEELE, кульминацией которого стала смерть Мисато Кацураги, прекрасной наставницы Синдзи, когда она пыталась защитить его. Другие моменты индивидуального героизма включают попытки Аски уничтожить все девять Ев от SEELE в одиночку. Хотя она доходит до непревзойденного пика жестокости, режет, обезглавливает и калечит вражеских Ев, она в итоге не справляется с задачей уничтожения. Она расходует все силы, и в этот момент на нее набрасываются торжествующие Евы и пожирают ее.

В конце фильма Синдзи (который был не в состоянии сделать больше, чем просто съежиться, когда вокруг него царит разрушение) наконец-то облачился в свой костюм Евы, чтобы противостоять Ангелам, но он слишком слаб, чтобы остановить их. Третий удар начинается, когда девять Ев взлетают, сверкая в небе, и образуют форму огромного дерева, известного как Древо Жизни. Взрывы сотрясают мир, и посреди разрушения появляется гигантская Аянами Рэй, очевидно приветствуя души умирающего человечества, которые поднимаются ей навстречу в виде огненных крестов. Только Ева Синдзи не может быть поглощена ею и остается плыть в пространстве космоса. Сам Синдзи просыпается на пустой земле с возрожденной Аской в качестве компаньона. Он начинает ее душить, но она останавливает его, и он плачет. Фильм заканчивается отчаянными словами Аски: «Кимоти варуи!» («Меня тошнит!»).

Несмотря на множество несоответствий и непонятностей, финал киноверсии «Евангелиона» представляет собой завораживающее полотно невероятно сложного апокалиптического видения. Действительно, фильм изобилует образами апокалиптического разрушения даже по сравнению с тремя фильмами, обсуждавшимися ранее. «Евангелион» одновременно расширяет и сужает видение апокалипсиса. В более широком плане его образы охватывают необычайный континуум смерти, разрушения и даже возрождения. Хотя работа разделяет с «Акирой» и «Сверхдемоном» визуальные эффекты городского апокалипсиса, такие как рушащиеся здания и обезумевшая толпа, она, как правило, больше сосредоточена на труднопроходимых пространствах высокотехнологичного мира штаб-квартиры NERV, поскольку силы снаружи начинают нарушать ее защиту. «Евангелион» также выходит далеко за рамки трех других картин в представлении огненного разрушения земли. Наконец, фильм настаивает на сверхъестественном и духовном измерении, отличающемся от мессианизма Навсикаи или Тэцуо и сил Сверхдемона, воплощенном в драматическом образе потрясающей белой Аянами Рэй, поглощающей мириады человеческих душ.