«Макарий» 16 и две лодки с кораблей Пустошкина захватили 19 мая в районе Анконы французское судно, перевозившее большую сумму денег. Несколько небольших французских судов попытались помешать захвату, но попали под огонь «Макария» и отошли. Пустошкин оставался в районе Анконы до 23-го, после чего был вынужден уйти, чтобы пополнить запасы воды. Не сумев произвести высадку в Сенигаллии, или Фано, ближайших портах на северо-западе, он отбыл 25-го в Порто-Квието, что недалеко от Триеста, куда прибыл 30 мая, не встретившись с Поттсом. 7 июня он возобновил блокаду Анконы.
В тот же день повстанцы захватили Пезаро – город между Фано и Римини. Контратака французов 9-го была отбита при помощи австрийской шебеки «Коллоредо», и 10-го два корабля Пустошкина высадили на берег отряд из 270 человек. Подоспел и Поттс со своей флотилией. Подвергшись нападению с суши и моря, Фано был занят союзниками 12 июня, а Сенигаллия – 18-го. Пустошкин продолжал блокировать Анкону до 1 июля, после чего по приказу Ушакова вывел свою эскадру, которая подошла к Корфу 3 июля. Группа кораблей Сорокина, крейсировавшая неподалеку, пришла на следующий день.
Тем временем началось постепенное вытеснение французов с юга Италии захватом островов Искья и Прочида, что недалеко от Неаполя, британскими кораблями. Это произошло 3 апреля. Сам Неаполь был на грани восстания, и его взятие представлялось несложным делом. Однако на некоторое время планы союзников были разрушены появлением на Средиземном море крупного французского флота. Покинув Брест 25 апреля с 25 линкорами, вице-адмирал Брюи сумел уклониться от встречи с Бридпортом и Кейтом и 5 мая прошел Гибралтар. Пять испанских судов из Ферроля разминулись с ним и направились в Рошфор, а те, что находились в Кадисе, когда он проходил мимо, были обездвижены погодными условиями. Тем не менее положение было серьезным. По общему мнению, целью французов была сначала Мальта, потом Египет. Однако Нельсон считал, что, вероятнее всего, французы нападут на Сицилию, и отозвал все свои линкоры, и британские, и португальские, чтобы прикрыть Палермо.
В конце концов, хотя разные британские командиры не смогли атаковать французский флот, он ничего не достиг. Брюи достиг Тулона 14 мая, а Массареда, следовавший за ним с 17 испанскими линкорами, зашел в Картахену 20-го – несколько кораблей были повреждены. Уже 27 мая Брюи снова вышел в море, высадил людей в районе Вадо, чтобы освободить Савону, появился у Генуи, вернулся мимо Тулона и зашел в Картахену 22 июня. Двумя днями позже он покинул порт с 40 французскими и испанскими линкорами, прошел Гибралтар 7 июля и после визита в Кадис вернулся в Брест 13 августа, взяв испанцев с собой.