«Нью-Йорк», «Наутилус», «Джон Адамс» и «Мешуда» прибыли в Гибралтар 14 сентября. Первые два добрались до Малаги независимо 9-го, а вторые – с конвоем 11-го. «Энтер-прайз» вернулся с Мальты, не встретившись с «Наутилусом», и крейсировал в районе Кабо-де-Гата. Он подошел к Гибралтару 18-го. «Наутилус» добрался до Триполи и встретился с «Адамсом» на обратном пути. «Адамс», добравшийся до Гибралтара 24 сентября, был в районе Туниса с 2-го по 9-е, но его визит был неудачным. Бей отказался принять Кэткарта как консула и продолжал настаивать на своем требовании получить в подарок фрегат.

За прибытием «Наутилуса» последовало изменение в командовании эскадрой, поскольку он привез датированный 21 июня приказ для Морриса сдать командование Роджерсу и вернуться на «Адамсе» в Америку. Роджерс должен был перейти на «Нью-Йорк», а Кэмпбелл с «Адамса» – на «Джона Адамса». Передача власти произошла в Гибралтаре 17 сентября, и Моррис 26-го вышел в море на «Адамсе», но лишь через десять дней Роджерс перебрался на «Нью-Йорк»,

которым пока командовал Кэмпбелл. По прибытии в Америку Моррису было предложено объяснить свои неудачи, и весной следственная комиссия вынесла вердикт: Моррис «достоин порицания за бездействие и медлительность эскадры под его командованием». Вскоре после этого он был уволен со службы.

Когда Моррис и Роджерс прибыли в Гибралтар, уже оформилась новая эскадра под командованием коммодора Эдварда Пребла. Шхуна «Наутилус» 12 прибыла 27 июля, «Филадельфия» 36–24 августа, «Конститьюшн» 44, корабль Пребла, – 13 сентября, а шхуна «Виксен» 12 – 14-го. Шхуна «Энтер-прайз» 12 была переведена в новую эскадру, а два оставшихся корабля, бриги «Сирена» 16 и «Аргус» 18, пришли 1 октября и 1 ноября соответственно.

По прибытии в Гибралтар Бейнбридж с «Филадельфии» получил информацию, что два триполийских корабля находятся у Кабо-де-Гата. Он сразу устремился в этом направлении и вскоре после наступления темноты 26-го заметил два корабля – большой парусник и бриг. Остановив парусник, он выяснил, что это мавританский военный корабль с 22 орудиями, «Мирбоха», а офицер, посланный на борт «Филадельфии» с документами, сообщил, что бриг – это «Селия» из Бостона. Не поверив рассказу о том, что «Селия» была захвачена и освобождена, Бейнбридж настоял на отправке вооруженных людей на «Мирбоху», где и была найдена команда брига. Их взяли в плен 17-го. Бейнбридж больше не колебался и решил завладеть мавританским кораблем и отвести его в Гибралтар. «Селия» исчезла, но была обнаружена и повторно взята следующей ночью.