Через несколько дней «Филадельфию» отнесло в западном направлении, и 31-го корабль все еще находился к востоку от Триполи. В это время и было замечено судно, идущее в гавань, держась вблизи берега. К одиннадцати часам, после двухчасового преследования, «Филадельфия» подошла достаточно близко, чтобы открыть огонь. Однако вскоре стало очевидно, что помешать врагу оказаться в безопасности будет невозможно, ив 11.30 Бейнбридж приказал выбираться на ветер. Почти сразу его корабль, идущий со скоростью около восьми узлов, напоролся на риф, не нанесенный на карты. Если бы он прошел чуть дальше, прежде чем отказаться от преследования, то сумел бы свободно миновать все подводные опасности.

Было сделано все возможное, чтобы вернуть кораблю плавучесть – даже сбросили за борт почти все пушки и срубили фок-мачту, но все усилия оказались тщетными. Триполийские канонерки заняли позицию таким образом, чтобы ни одно орудие не было направлено на них, и открыли огонь. После четырехчасового обстрела Бейнбридж приказал покинуть корабль и спустил флаг. На последовавшем расследовании он был очищен от обвинений в гибели корабля и капитуляции.

Потеря корабля являлась тяжелым ударом, но худшее было еще впереди. 2 ноября задул сильный ветер в сторону берега, поднявший уровень воды настолько, что появился шанс вернуть кораблю плавучесть. Триполийцы сумели это сделать, подлатали корпус и отвели корабль в гавань.

После недели пребывания в Гибралтаре Пребл 23 октября направился в Кадис. Он вел «Конститьюшн» и «Энтерпрайз». Теперь, когда начиная с мая Британия снова находилась в состоянии войны с Францией, в британских портах становилось все труднее получить снабжение, а британские морские офицеры привечали дезертиров с американских кораблей. По этим причинам Пребл отправился за снабжением в Кадис, а по возвращении 7 ноября бросил якорь в районе порта Альхесирас, на испанской стороне одноименной бухты. Он также решил использовать Сиракузы, а не Мальту, в качестве своей передовой базы и 9 ноября послал туда свои транспорты со снабженческими грузами в сопровождении «Энтерпрайза». «Виксен» уже находился на боевом посту в Триполи, «Сирена» повела конвой в Ливорно, а оттуда ей предстояло направиться в Алжир, «Аргус» после еще одного рейса с конвоем в Ливорно и обратно должен был остаться в проливе на случай проблем с Марокко. Два оставшиеся в его распоряжении корабля, «Конститьюшн» и «Наутилус», Пребл 13 ноября повел на восток.

Высадив 19-го в Алжире нового консула, полковника Лиера, корабли Пребла 24-го как раз приближались к южной оконечности Сардинии, когда им встретился британский фрегат «Амазон» 38. Так Пребл узнал о потере «Филадельфии». Эта новость получила подтверждение 27 марта, когда на Мальте было получено донесение Бейнбриджа. 29-го «Конститьюшн», «Наутилус» и «Энтерпрайз», который к ним только что присоединился, вошли в Сиракузы, где их уже ожидал транспорт с припасами. «Виксен» ушел с Мальты 15 ноября, чтобы сообщить Преблу о несчастье. Он вернулся из-за плохой погоды и снова вышел в море 19-го, взяв курс на Гибралтар, но разминулся с кораблями Пребла и в конце концов добрался до Сиракуз 12 декабря, так и не дойдя дальше Кальяри.