Укомплектованный в основном добровольцами с «Энтерпрайза», пятью мичманами с «Конститьюшн» и сицилийским лоцманом, «Интрепид» с «Сиреной» 3 февраля отправились на задание. Они подошли к Триполи вечером 7-го, но погода оказалась неблагоприятной, и они снова отошли. Порывистый ветер отнес их в восточном направлении, но они вернулись 16-го, и на этот раз условия оказались намного лучше, хотя ветер был настолько слабым, что Декатур ощутил необходимость завести «Интрепид» в гавань сразу, не дожидаясь прибытия шлюпок с «Сирены». Правда, днем раньше он получил некоторое подкрепление – лодку с командой с этого корабля, которая сыграла значительную роль в последовавших событиях.

Когда «Интрепид» приблизился к «Филадельфии» – причем у него на палубе было только несколько человек в мальтийских костюмах, – его окликнули и предложили уйти в сторону. Но лоцман заявил, что на судне потеряны все якоря, и ему разрешили пришвартоваться к более крупной «Филадельфии» на ночь. Перемена ветра остановила «Интрепид» на некотором расстоянии от цели, что могло оказаться роковым, но лодка с «Сирены» приняла конец, а потом и другой с «Филадельфии», и «Интрепид» был подтянут к борту. Сигнал тревоги прозвучал слишком поздно. Абордажная партия почти не встретила сопротивления, поскольку большинство триполийцев или сбежали на лодке, или прыгнули за борт. Воспламеняющиеся вещества были распределены и зажжены, и через двадцать минут «Интрепид» уже шел обратно из гавани, выполнив свою работу. На нем только один человек был легко ранен.

Несмотря на сильный огонь с берега и других триполийских кораблей, он вышел из гавани невредимым, а полыхающая «Филадельфия» сначала медленно дрейфовала к берегу, а потом взорвалась. Лодки с «Сирены» ожидали на входе в гавань, и практически без задержек оба корабля легли на обратный курс в Сиракузы, где их встретили с триумфом 19-го.

Пока они выполняли особое задание, остальные малые суда американской эскадры использовались для менее эффектных мероприятий. «Наутилус» вернулся из Гибралтара 26 января и 4 февраля отплыл в Тунис вместе с «Виксеном». Им пришлось вернуться из-за непогоды, и тогда они получили новые приказы. «Наутилус» уже на следующий день направился к мысу Мисурата (Мисрата), что к востоку от Триполи, а «Виксен» 13-го – на Мальту, чтобы сопроводить очередное снабженческое судно. «Энтерпрайз» 10-го был послан в Мессину, чтобы выяснить возможность приобретения или найма судов, пригодных для использования в роли канонерок. Последние два вернулись 17-го.