В некоторых отношениях Сиракузы оказались идеальной базой. Губернатор был рад американцам, как защитникам, жители оказались дружелюбными, и американским командам некуда было дезертировать7. Но, с другой стороны, капитан «Конститьюшн» 16 декабря отметил, что в течение трех недель они ждали возможности выйти из гавани, что не было безопасным без попутного ветра.
«Наутилус» ушел 14 декабря в Гибралтар с депешами, а «Конститьюшн» и «Энтерпрайз» 17-го – в Триполи. «Виксен» остался для эскортирования транспорта, доставившего припасы, обратно в Гибралтар. Направив «Энтерпрайз» на Мальту для отправки и получения писем, Пребл 23-го уже был на подходе к Триполи, где его «Энтерпрайз» захватил кеч «Мастико»8, который шел из Триполи в Бенгази, а оттуда в Константинополь. Хотя корабль считался якобы турецким, на его борту были триполийские солдаты, оружие и другая собственность, и он двигался из одного триполийского порта в другой, так что Пребл, не сомневаясь, задержал его. Позже он узнал, что кеч под триполийским флагом принимал участие в нападении на «Филадельфию», что полностью оправдывало его действия. Он был направлен в Сиракузы с «Энтерпрайзом» и вскоре стал американским кораблем под названием «Интрепид».
После этого небольшого успеха Пребл оставался в окрестностях Триполи до 26-го, когда штормовой ветер с норд-норд-оста заставил его уйти, причем испытав нешуточные трудности. Он зашел в Лампедузу в надежде обнаружить там триполийские суда, по пути «подобрал» «Энтерпрайз» и опять послал его на Мальту, взял приз на буксир и 30-го прибыл в Сиракузы. «Сирена» находилась там с 4-го, а «Энтерпрайз» пришел 31-го.
«Конститьюшн» оставался в Сиракузах почти три месяца, причем часть этого времени было потрачено на ремонт бушприта. «Энтерпрайз» был сочтен непригодным для серьезной работы в зимний период, но, несмотря на это, Пребл отбыл на нем 11 января 1804 года на Мальту. Так получилось, что он почти сразу встретил «Виксен», возвращавшийся из Гибралтара, перешел на него и достиг Мальты 13-го. Там он установил контакт с триполийским агентом и начал переговоры о мире. Он также связался с Бейнбриджем, находившимся в плену в Триполи.
По возвращении в Сиракузы 25 января Пребл начал подготовку к уничтожению «Филадельфии» там, где она находилась. Он не считал возможным вывести корабль из порта, даже если бы его удалось захватить. Попытку предстояло сделать «Интрепиду» (прежнее название – «Мастико») под командованием Декатура с «Энтерпрайза». «Сирена» должна была оказывать поддержку. Идея заключалась в том, что «Интрепид» – местный тип судна – сможет войти в гавань и в нем не опознают противника.