После гибели «Интрепида» участие Пребла в операциях против Триполи подошло к концу. Была запланирована еще одна атака силами канонерок, но 5 сентября она была отменена, и на следующий день канонерки и два бомбомета отбыли в Сиракузы на буксире у «Джона Адамса», «Сирены», «Наутилуса» и «Энтерпрайза». Прибыв к месту назначения 15-го, они снова вышли в море 29-го в сопровождении «Аргуса» и «Энтерпрайза» и прибыли в Мессину 3 октября. Там заимствованные плавсредства были возвращены неаполитанским властям.
«Скедж» отправился в Сиракузы 5 сентября, сопровождая снабженческий транспорт. Флот в Триполи временно уменьшился до кораблей «Конститьюшн», «Аргус» и «Виксен». Но вскоре его численность была восстановлена прибытием 9-го Бэррона на фрегате «Президент» 44 в компании с «Констеллейшн» 36. Бэррон привел в Гибралтар четыре фрегата 12 августа, но посчитал необходимым оставить там Роджерса с фрегатами «Конгресс» 36 и «Эссекс» 32 из-за угроз императора Марокко, который снова требовал разрешения отправлять суда в Триполи, несмотря на блокаду. Выйдя в море 15-го, он двигался очень медленно и прибыл на Мальту только 5 сентября.
Первые несколько дней его командирской деятельности были отмечены захватом трех судов с пшеницей для Триполи. Их взяли 11 и 12 сентября «Конститьюшн» и «Аргус». Рано утром 12-го «Конститьюшн» и «Президент» столкнулись, и «Конститьюшн» получил серьезные повреждения, лишившись большой части форштевня, утлегаря и рея шпринтового паруса. Корабль ушел с двумя призами на Мальту 13-го, а на следующий день за ним последовал «Аргус» с третьим. «Виксен» отбыл на Мальту 11-го – ему предстояло переоборудование в бриг.
Достигнув Мальты 16 сентября, Пребл 22-го отправился на «Аргусе» в Сиракузы. 24-го на подходе к порту он встретил выходящие оттуда «Энтерпрайз» и «Сирену» и вернул их обратно. Они снова вышли в море 26-го, и на этот раз их вернул Бэррон на «Президенте». Он ушел из Триполи 23-го, всего через несколько часов после прибытия Роджерса на «Конгрессе». Этот офицер решил, что со стороны императора Марокко опасаться нечего и он будет полезнее на востоке. По пути он зашел в Алжир за консулом Леаром.
«Конгресс» и «Констеллейшн» остались у Триполи, но «Наутилус» почти сразу сменил «Констеллейшн», который прибыл в Сиракузы 29 сентября, как раз когда «Аргус» и «Энтерпрайз» направлялись с канонерками в Мессину. «Сирена» ушла на Мальту днем раньше.
В течение следующих месяцев поддерживалась лишенная каких-либо событий блокада Триполи. Как правило, в ней участвовал один фрегат и одно судно меньших размеров. «Конгресс» и «Наутилус» находились здесь до 23 октября, когда из Сиракуз вернулся «Констеллейшн». Тогда «Конгресс» ушел на Мальту и оставался там или в Сиракузах до конца года. «Констеллейшн», в свою очередь, сменил «Президент» 16 ноября, а «Наутилус» – «Виксен», примерно в это же время.