Бэррона уже не было на борту «Президента». Он некоторое время болел и жил на берегу – в Сиракузах или на Мальте. И когда «Президент» 12 ноября вышел в море из Сиракуз, он находился под командованием мастер-комманданта Джона Кокса. В это время имели место и другие перемены. «Сирена» ушла с Мальты в Гибралтар 12 октября, чтобы сменить «Эссекс», и этот корабль прибыл 29-го. Декатур принял командование «Конститьюшн» 28 октября, но 9 ноября поменялся кораблями с Роджерсом с «Конгресса», так чтобы офицер более высокого ранга командовал более мощным кораблем. Пребл, который технически командовал «Конститьюшн», пока его не сменил Декатур, 4 ноября поднялся на борт «Джона Адамса» на Мальте и направился через Сиракузы, Мессину и Палермо в Неаполь, куда прибыл 6 декабря. Совершив безуспешную попытку позаимствовать еще канонерок для операций следующего года, он 23-го отплыл домой и 25 февраля 1805 года добрался до Нью-Йорка.

«Скедж» отплыл в Америку примерно в это время, а еще три корабля – «Конститьюшн», «Энтерпрайз» и «Аргус» – были посланы в порты, расположенные на некотором удалении от театра военных действий. «Конститьюшн» ушел в Лиссабон, чтобы нанять людей и пополнить запасы. Корабль отправился из Сиракуз 27 ноября и вернулся на Мальту только 24 февраля 1805 года, в то же время, когда «Президент», «Эссекс» и «Виксен» прибыли туда из Сиракуз. «Президент» и «Виксен» ушли из Триполи в начале декабря. «Энтерпрайз» был отправлен в Триест на ремонт и прибыл туда в конце ноября, но после некоторой задержки из-за карантина перешел в Венецию, где было больше возможностей для ремонта. Корабль пришлось почти полностью перестраивать, и он был готов к выходу в море только в мае следующего года.

Что касается «Аргуса», его рейс в Александрию был связан с возрождением плана использования Хамета, законного паши Триполи. Итон, активный сторонник этой политики, был в Америке с мая 1803 года и теперь вернулся на Средиземное море как «военно-морской агент государств Варварского берега», располагая официальной поддержкой своих планов, хотя они стали менее обещающими из-за изменения положения самого Хамета. Он, как уже говорилось, в августе 1802 года принял пост губернатора в Дерне, но уже следующим летом активно поддержал арабов, выступивших против его брата. Те потерпели неудачу, и он был вынужден бежать в Египет.

Еще в сентябре капитан Гулль с «Аргуса» получил устное разъяснение, что данный ему письменный приказ идти в Александрию для выполнения конвойных обязанностей лишь прикрывает доставку туда Итона для установления связи с Хаметом. Правда, «Аргус» покинул Сиракузы с Итоном на борту только 14 ноября. 27-го он прибыл в Александрию. После множества проблем и неприятностей контакт был установлен, и Хамет прибыл в окрестности Александрии. Сначала турецкие власти не позволяли ему войти в город. И хотя запрет вскоре был снят, было решено, что ему лучше двигаться в Дерну по суше. «Аргус» был послан на Мальту для оказания помощи и должен был встретить экспедицию в городе Бомба, примерно в 40 милях от места назначения. «Аргус» вышел в море 19 февраля с секретарем Хамета на борту и письмами Итона к Бэррону и снова покинул Мальту, на этот раз взяв курс на Бомбу, 26 марта. Его сопровождал «Хорнет» 16 – бывший бриг «Тревеллер», недавно купленный у американских владельцев. А Итон и Хамет с отрядом из 400 человек, в основном арабов, начали свое долгое путешествие по суше от Арабской башни (Борг-эль-Араб), что в 40 милях от Александрии, 8 марта.