В первые годы правления Криспи вновь резко обострился старый конфликт между Италией и Ватиканом. Непримиримые клерикалы во главе с папой Львом XIII упорно не хотели мириться с потерей светской власти и вели разнообразную подрывную работу против итальянского государства. В своей политике Ватикан все более ориентировался на Францию, с которой в то время Италия находилась в крайне напряженных отношениях. Все это способствовало усилению в правящих классах Италии антиклерикальных настроений.
Чтобы ослабить враждебную деятельность Ватикана, направленную против итальянского государства, правительство Криспи проводит ряд антиклерикальных мер. В 1888 г. было отменено обязательное преподавание «закона божьего» в народных школах. Была отменена также церковная десятина. По новому уголовному кодексу, разработанному министром юстиции Дзанарделли, вводились строгие наказания за поступки и речи церковнослужителей, направленные против интересов и целости итальянского государства.
Эти мероприятия вызывали бурные протесты со стороны католической иерархии. Одно время в Ватикане даже обсуждался вопрос о перенесении резиденции папы из Италии.
Наивысшего напряжения конфликт между итальянским правительством и Ватиканом достиг летом 1889 г., когда в Риме с согласия Криспи был открыт памятник Джордано Бруно. Памятник Бруно был воздвигнут на том месте, на котором в 1600 г. состоялось сожжение смелого борца против церкви. В день открытия памятника в Риме состоялась крупная антиклерикальная демонстрация.
Но вскоре отношения между Ватиканом и Итальянским государством начали улучшаться. Под влиянием растущего революционного движения в стране как среди клерикалов, так и среди правящего класса Италии усиливается стремление к взаимному сближению под лозунгом: «Социализм — вот враг!».
Главные усилия Криспи в области внутренней политики и были направлены на борьбу против трудящихся, против социалистического движения. В этой борьбе он применял все средства — от массовых расстрелов до антирабочего законодательства. В 1889 г. был принят закон «об общественной безопасности», которым запрещались «вооруженные сборища» и устанавливались строгие наказания для их организаторов и участников. Своим острием этот закон был направлен прежде всего против рабочих.
Антирабочий характер носили и некоторые статьи уголовного кодекса Дзанарделли. Под предлогом защиты «свободы труда», кодекс грозил тюремным заключением сроком до двадцати месяцев тем, кто «насилием или угрозами мешает или в какой-либо мере препятствует свободе промышленной и коммерческой деятельности». Подобные статьи фактически сводили на нет свободу организаций и право объявления забастовок.