К 7 в. до н. э. Кларос был уже известным центром поклонения Аполлону на территории Ионии. В 6 в. до н. э. святилище попало под власть лидийского царя Крёза, на смену которому пришло господство Персидской империи. Затем ее сменило царство Кария. При всех этих сменявшихся государствах и их правителях в Кларосе не прекращалось отправление культа Аполлона, который воспринимался местным населением как божество, соединявшее в себе древние азиатские культы и привнесенные греческие.

После завоевания этой территории Александром Македонским, Кларос, как и Колофон, стали частью его империи, а после его смерти контроль над этой территорией переходил попеременно то Лисимаху, то Селевкидам, то египетским Птолемеям. Однако боевые действия обходили стороной святилище, которое в равной степени почиталось всеми воюющими сторонами. На смену им пришло Пергамское царство, а во 2 в. до н. э. — Рим. Установление римского господства принесло региону спокойствие, обеспечило экономическое процветание, что очень благоприятно отразилось и на Кларосском святилище. Слава его распространилась далеко за пределы региона, а Кларосский оракул в этот период стал известным до такой степени, что конкурировал со знаменитым Дельфийским оракулом. Поклониться ему и попросить совета приезжали ходоки из Рима, Греции, дальних районов Малой Азии (Ликия, Каппадокия), из Сирии, с островов Эгейского и Средиземного морей.

Однако уже во 2 в. н. э. Кларос столкнулся с рядом серьезных проблем, которые привели к его упадку к концу 4 в. Одна из этих проблем — природная: отступление моря, исчезновение лесов, быстрый подъем грунтовых вод и заболачивание местности. Эта проблема оказалась роковой и для таких городов как Милет, Эфес, Приена. Другая проблема — социально-культурная: быстрое распространение христианства и его очень агрессивное отношение к античным верованиям как языческим. Как считают историки, святилище перестало функционировать в конце 4 в. н. э., примерно в то же время, что и знаменитое святилище с оракулом Аполлона в Дельфах, и оракул Аполлона в Дидиме.

Мощные землетрясения, столь частые в этом регионе, полностью разрушили сооружения святилища, а речные отложения за последующие полтора тысячелетия покрыли руины многометровым слоем песка.

Возвращение Клароса в мировую историческую память началось с раскопок, произведенных здесь в 1905 г. британским археологом Т. Макриди. В 1913 г. он продолжил раскопки совместно с французским археологом Ш. Пикаром. Западные археологи провели здесь еще две большие серии раскопок: в 1950–1961 гг. и в 1988–1997 гг. В ходе этих раскопок был снят многометровый слой накопившихся земельных наносов и открыты основные памятники святилища. С 2001 г. раскопки в Кларосе ведут турецкие археологи.