Чекисты выдвигали против пленных поляков следующие обвинения: служба в польском легионе и грабеж мирных жителей, участие в «контрреволюционной организации», антисоветская агитация, принадлежность к «польскому гражданству» и т. д. Наказанием служило заключение в концентрационный лагерь или принудительные работы[2262]. В концентрационные лагеря помещались не только военные, но и гражданские лица. По сообщению коменданта Иркутского лагеря принудительных работ, на 20 сентября 1920 г. в лагере находились 22 специалиста польской национальности, которые были осуждены на срок свыше 6 месяцев. Все арестованные обвинялись как «лица польской национальности», среди них находились педагоги, студенты, бухгалтеры, топографы, юристы, конторщики, в том числе выпускники Львовского, Варшавского и Краковского университетов[2263]. Налицо были репрессии против представителей польской интеллигенции. В мае 1921 г. был опубликован список из 13 чел. польских гражданских пленных и интернированных граждан в Омске, подлежащих амнистии. Среди них находились арестованные по подозрению в антисоветской агитации, за принадлежность к «польским гражданам» и службу в армии Колчака[2264].

С особой жестокостью действовали органы ВЧК на железной дороге. Так называемые «Районные транспортные чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией» своими постановлениями в Томске, Красноярске приговаривали польских солдат к расстрелу. Как правило, по истечении нескольких дней приговор приводился в исполнение. 9 августа 1921 г. по постановлению коллегии ДТЧК Томской железной дороги был расстрелян Михаил Ширинский[2265]. Польская делегация в смешанной комиссии по репатриации предпринимала попытки оказать помощь арестованным полякам. Так, 19 сентября 1921 г. польская делегация в Омске просила отложить исполнение смертной казни в отношении А. Стшелецкого, который был вынесен ДТЧК[2266]. К заключенным применялись пытки. По воспоминаниям К. Гижицкого, заключенных, раздетых донага, бросали в погреб, наполненный льдом, а «разогревали» побоями. В результате таких пыток в Красноярске погиб поручик Рачинский[2267].

Польская делегация обращала внимание представителей российско-украинской делегации на аресты польских военнопленных в августе 1921 г., уже после подписания советско-польского мирного соглашения. Поляки обвинялись в участии в «контрреволюционных организациях» и службе в польской армии[2268]. Делегация Польской Республики в ноябре 1921 г. выдавала справки привлекавшимся к ответственности за службу в Польской армии в Сибири и предоставляла таким лицам право регистрации и отправки в Польшу[2269].