В 1900 г. в Томск приехал магистр богословия Иосиф Демикис, который с 1901 по 1919 гг. являлся куратом прихода[2406]. Когда Демикис начинал свою работу в приходе, в Томске и Томском уезде насчитывалось 10 тыс. католиков, в Мариинском уезде – 4, Каинском – 5, Барнаульском, Кузнецком, Бийском и Змеиногорском – 2[2407]. В 1908 г. в Томске насчитывалось до 3 тыс. католиков. Об этом свидетельствовали редемптористы, побывавшие в городе с миссией 14–24 июля 1908 г. Таинства в ходе миссии приняли 1800 чел.[2408] Многие церковные приходы в Сибири имели дома, которые были приобретены или дарованы им прихожанами. Денежные доходы от этого имущества шли на содержание церкви и священника. В 1908 г. в Томске католический приход имел дом на улице Ефремовская[2409]. В 1914 г. доход от содержания домов, принадлежавших приходу, составил 2000 руб., или половину бюджета[2410].

С 17 апреля до 7 сентября 1909 г. состоялся первый пастырский визит Могилевского епископа Яна Цепляка в Сибирь. 13 мая 1909 г. Цепляк прибыл в Томск, где ему был устроен торжественный прием со стороны местной польской колонии. На вокзале Томск-1 епископа встречали курат Томского костела Демикис и депутация от местной польской колонии. Путь следования епископа от вокзала до костела был устлан цветами[2411]. С вокзала епископ приехал к костелу, где его ожидала многотысячная толпа верующих. 14 мая в переполненном костеле епископом была отслужена торжественная месса. После богослужения в приходском доме епископу представились чины гражданского и военного ведомства римско-католического вероисповедания, а также частные лица. 15 мая епископ посетил исправительное арестантское отделение по Иркутскому тракту, куда были собраны все заключенные католики из других мест заключения города Томска в количестве 45 чел. Для заключенных было совершено богослужение, а 18 мая 1909 г. Цепляк отбыл из Томска в Восточную Сибирь[2412]. Во время визита Цепляка было установлено, что в Сибири работали более 20 священников, а 19 приходов оставались без пастырей[2413]. Результатом визита Цепляка в Сибирь стало разделение Западной Сибири на два деканата, с центрами в Томске и Омске, и создание деканата для Восточной Сибири с центром в Иркутске[2414].

Количество католиков в Томске росло, и к 1912 г. их насчитывалось в городе до 4000, а костел мог вместить только 700 чел. В ходе визита епископа Цепляка в Томск был рассмотрен вопрос о строительстве в городе нового костела[2415]. Тогда же под председательством курата был создан комитет по строительству, но комитет медлил с выполнением данного ему поручения, а начавшаяся Первая мировая война и революция перечеркнули все планы.