Не все священнослужители могли выдержать то давление, которое на них оказывалось со стороны властей. Ксендз Кунда покинул Тобольск неожиданно, не предупредив свое руководство и синдиков. Синдики обратились с жалобой на священника, которого обвиняли в присвоении части имущества костела, в частности, предметов из серебра. Костел, оставшийся без присмотра, был в 1922 г. разграблен. Митрополит Цепляк 5 июля 1922 г. поручил заботу о костеле в Тобольске декану в Перми Ф. Будрису[2577]. Будрис в 1921 г. был назначен уральским деканом, стал настоятелем приходов Екатеринбурга, Тюмени, Тобольска, Ишима и других территорий и городов Урала и Западной Сибири[2578].

Советская власть с самого начала была настроена антирелигиозно. Декрет о земле от 8 ноября 1917 г. лишал церковь прав собственности на землю. Декретом от 24 декабря все учебные заведения передавались в ведение Комиссариата просвещения. 31 декабря 1917 г. перестал считаться законным церковный брак[2579]. Декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» от 23 января 1918 г. явился формальным поводом для начала гонений на религию вообще и особенно на христианство. В августе того же года религиозные организации были лишены юридических прав и имущества. Из ведения церкви изымались учебные заведения, регистрация актов гражданского состояния. Священнослужители стали лицами без прав – «лишенцами». Их начали преследовать, в частности, некоторых из них отправляли на принудительные работы, как, к примеру, случилось с ксендзом поселка Маличевский. Сразу после окончания Гражданской войны католики Сибири почувствовали ограничения своих прав. В первый день празднования Пасхи в 1920 г. в Томске военные патрули не пустили никого из прихожан в костел[2580].

Началось массовое закрытие храмов, высылка священников и верующих. Так, в 1920 г. был арестован ксендз Белостокско-Маличевского прихода Томского уезда Франтишек Грабовский, который подвергался преследованиям со стороны секретаря местной партийной ячейки С. Вудцана [2581]. Царскими властями Грабовский был выслан в Красноярск, где был администратором прихода, а с 1917 г. стал настоятелем прихода в Уфе. В 1918 г. колчаковскими властями Грабовский был выслан в поселок Маличевский за неодобрительное отношение к сотрудничеству польских войск с Белой армией[2582]. Осенью 1920 г. Грабовский по доносу был арестован вторично и расстрелян Томской «губчека» в ночь с 27 на 28 января 1921 г.[2583]

Католическая церковь пыталась спасти храмы. В августе 1918 г. была издана инструкция «О порядке проведения в жизнь Декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви», которая лишала все церкви прав юридического лица и передавала их имущество в ведение местных советов. Данная инструкция лишила духовенство всяких прав и объявила «двадцатки» мирян единственным органом, правомочным получать от государства в аренду культовые здания[2584]. В апреле 1920 г. Томский губревком отправил телеграммы в Мариинск, Кузнецк, Каинск, Щегловск, Тайгу и Колывань с требованием предоставить сведения о наличии в городах храмов, их вместимости, фактической посещаемости храмов прихожанами. Власти стремились к «утилизации церквей на общеполезные нужды»[2585]. В 1920 г. Томский костел был национализирован и передан верующим по договору, а часть имущества, в том числе орган, была реквизирована. Было распущено и католическое благотворительное общество[2586]. По инициативе местных коммунистов-поляков у прихожан было отобрано здание приюта для детей, которое было передано польской секции РКП(б) для организации польской школы «на социалистических началах». В селах Белосток и Маличевка были реквизированы с целью организации школы дома, принадлежавшие приходам[2587]. В 1920-е годы погибла часть метрических книг костелов Сибири. Так, метрические книги, изъятые из Маличевского костела, сгорели во время пожара 1921 г.[2588]