В конце ноября 1610 г. произошло первое резкое столкновение между Боярской думой и патриархом. Когда Сигизмунд III потребовал от Боярской думы дать указания послам относительно нужного решения вопроса о Смоленске и Думой были подготовлены тексты грамот, в которых послам предлагалось «во всем положиться на короля»[1163], то была предпринята попытка добиться одобрения этих грамот патриархом и духовными «властями». С этой целью патриарха на его дворе посетили Михаил Глеб. Салтыков и Федор Андронов, а, когда попытка кончилась неудачей, «на утрее» к нему прибыл сам глава Боярской думы кн. Ф. И. Мстиславский. Патриарх не только отказался скрепить своей подписью такие грамоты, но и заявил: «А будет такие грамоты писати, что во всем положитца на королевскую волю и послом о том королю бити челом и клясться на ево волю, и то ведомое стало дело, что нам целовати крест самому королю, а не королевичю и я таких грамот не токмо, что мне руки приложити, и вам не благословляю писати и проклинаю, хто такие грамоты напишет»[1164].

Составление грамот патриарх воспринял как подтверждение уже распространявшихся слухов, что Сигизмунд III желает сам занять русский трон, отсюда — такая острая реакция на представленные ему документы. Но этим патриарх не ограничился, он собрал в Успенском соборе посадских людей Москвы, и здесь приняли решение, «что им королю креста не целовати»[1165]. Тем самым патриарх вступил в открытый конфликт и с королем Сигизмундом, и с группой его русских сторонников, которые готовили почву к переходу в его руки всей власти над Россией, и его действия получили поддержку со стороны московского посада. От более активных действий патриарха удерживал страх перед опасностью со стороны Лжедмитрия II. С его смертью поведение патриарха резко изменилось.

По мнению ряда исследователей, после смерти Лжедмитрия II патриарх открыто призвал население Русского государства к восстанию против польско-литовских интервентов и боярского правительства в Москве.

Уже русские современники по-разному описывали действия, предпринятые патриархом на рубеже 1610/1611 гг. По мнению одних, патриарх лишь «обличал» действия «литовских людей» и «московских изменников», но не призывал к восстанию против них, по утверждениям других, «города» поднялись на восстание именно по призыву патриарха. Споры современников получили продолжение в спорах исследователей[1166].

Как представляется, решению вопроса могут способствовать известия современных событиям польских источников, которые не были известны участникам дискуссии. Прежде всего здесь следует назвать письмо Я. Задзика, отправленное из лагеря под Смоленском 8 января н. ст. 1611 г. В этом письме Задзик сообщал своему патрону, что, узнав о смерти Лжедмитрия II, патриарх публично заявил: «Легко теперь этих поганых и разбойников истребить можем, когда у нас согласие будет и один только в земле неприятель». Тогда же он выразил свое убеждение, что обещания прислать королевича — один обман, а власть над Россией хочет захватить король[1167]. Таким образом, к этому времени в лагере под Смоленском было известно, что после смерти Лжедмитрия II патриарх публично говорил, что следует восстать против незваных пришельцев.