Если брать рассматриваемый период в целом, то можно считать, что в это время церковь попала в еще большую зависимость от светской самодержавной власти, хотя и всячески сопротивлялась этому. Упала роль Синода в системе государственного управлении, а в конце 50-х годов XVIII в. со всей остротой был поставлен вопрос о полной секуляризации церковных вотчин.

Наступил решающий момент в судьбах церковных земельных владений. Хотя духовенству и удалось затормозить проведение секуляризационных мероприятий Елизаветы Петровны, оно было уже не в силах предотвратить решение этого назревшего вопроса. Положение крестьян в духовных вотчинах все более ухудшалось, а их волнения и восстании приняли еще больший размах.

21 марта 1762 г. Петр III издает указ о секуляризации церковных имений. Все монастырские и архиерейские крестьяне с их землями передавались в ведение восстановленной Коллегии экономии, которая подчинялась Сенату. Помимо подушной подати, крестьяне должны были платить в казну рублевый оброк. Естественно, духовенство, особенно крупное, было крайне недовольно этой мерой. Поэтому Екатерина II, вступившая в июне 1762 г. на престол в результате дворцового переворота и старавшаяся вначале завоевать расположение духовенства, своим указом от 12 августа 1762 г. отменила секуляризацию, намечавшуюся ее мужем Петром III.

Но это был временный шаг. Екатерина II скоро поняла, что позиции духовенства в стране ослаблены, дворянство его не поддерживает, так что с этой стороны ей не угрожает опасность. В то же время движение церковных крестьян ширилось и росло. Несколько позднее она писала Вольтеру, что при ее воцарении движение охватило «более 100 тыс. церковных крестьян, взявшихся за оружие потому, что терпели тираническое притеснение».

Поэтому 26 февраля 1764 г. Екатерина II специальным манифестом объявила о секуляризации церковных вотчин и населявших их крестьян. В речи, произнесенной по этому случаю в Синоде, она объяснила причины своего акта. Екатерина прямо заявила, что духовные вотчины «похищены» у государства и церковники не могут «владеть ими», не будучи «несправедливы» к государству. Их прямое дело не во владении земными богатствами, а в толковании догматов веры, в распространении христианского учения. Она потребовала от духовенства: «Если вы повинуетесь законам, если вы — вернейшие мои подданные, то не замедлите возвратить государству все то, чем вы неправильным образом владеете». Все церковные крестьяне передавались в управление коллегии экономии и стали называться экономическими. Всего ей было передано около миллиона душ крестьян и более 8 млн десятин земли. Крестьяне, помимо подушной подати, должны были платить государству уже не рублевый оброк, как следовало по указу 1762 г., а полуторарублевый, что составляло примерно 1,5 млн руб. в год. Из этой суммы около трети должно было пойти на содержание архиерейских домов и монастырей, а остальная часть — в государственную казну. Число монастырей сокращалось вдвое, с 814 до 396, а остальные, главным образом мелкие, упразднялись. Закон о секуляризации распространялся только на Великороссию и Сибирь, на Украине секуляризация была проведена в 1786 г.