Четвертый и последний этап реформы приходится на 1721–1725 гг. Для него характерно стремление Петра I ввести в монастырях и архиерейских домах строго определенные штаты. Для этого велась большая подготовительная работа, собирались последние данные о хозяйственном состоянии церковных вотчин, были изданы некоторые распоряжения о нормах штатов. Однако из-за смерти Петра I в январе 1725 г. его намерения не были осуществлены.

Таково содержание и этапы церковной реформы, проведенной Петром I в 1701–1725 гг. Она была задумана в целях использования церковных богатств в интересах государства, для чего в начале реформы была проведена фактически полная секуляризация духовных вотчин. Однако, как оказалось, значительное число духовных владельцев получало небольшие доходы, которые не могли стать источником пополнения государственной казны. Поэтому правительство постепенно отходит от своего первоначального замысла, и реформа заканчивается частичной секуляризацией церковных доходов или их изъятием в пользу государства. Но и этот результат следует признать весьма важным, поскольку это была по существу первая реальная секуляризация церковных богатств с тех пор, как этот вопрос был поставлен двести лет тому назад, в конце XV — начале XVI в. Еще большее его значение в том, что церковь так и не оправилась от этого удара. Вопрос о «заопределенных» вотчинах и доходах с них, поступавших в казну, и вообще о церковных крестьянах уже не сходил больше с повестки дня всех последующих правительств, пока не закончился решением о полной секуляризации в 1764 г. Другой важный результат — реорганизация высшего церковного управления, ликвидация патриаршества и замена его государственным учреждением — Синодом.

Все это, безусловно, сильно подорвало экономические и политические позиции церкви и поставило ее в бóльшую зависимость от абсолютизма, чем это было прежде. Однако вопреки мнению некоторых историков она еще не стала полной служанкой государства, о чем с несомненностью свидетельствует последующая история церкви.

Следующий важный период во взаимоотношениях церкви и государства — середина 20-х — 50-е годы XVIII в. Сразу после смерти Петра резко обострилась борьба светской власти и духовенства. Один из руководителей Синода, его вице-президент и новгородский архиепископ Феодосий Яновский, открыто выступил против церковной реформы. Он требовал возвращения к прежним порядкам, в частности восстановления права церкви на полное распоряжение церковными доходами. Несомненно, что он отражал настроения значительной части духовенства, особенно высшего. Однако эта вспышка протеста была быстро подавлена, Феодосий лишен сана архиепископа, разжалован в монахи и сослан в отдаленный Корельский монастырь.