25 января 1721 г. Петр I издает манифест о ликвидации патриаршества и замене его Духовной коллегией, а также об утверждении «Духовного регламента». Духовная коллегия, как и другие коллегии этого времени, состояла из 11 членов во главе с президентом, которым стал бывший местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, все остальные члены коллегии также должны были быть духовными лицами. Спустя два дня члены коллегии, как и другие государственные чиновники, приняли присягу на верность и послушание царю, признавая в нем «крайнего судию Духовной сей коллегии», т. е. свою полную зависимость от монарха. В манифесте и введении к регламенту дается обоснование реформы высшего управления церковью. Простой народ, видя честь и славу, которыми окружен патриарх, может прийти к мысли, что «есть то второй государь, самодержцу равносильный». А этим могут воспользоваться люди, замышляющие недоброе против царя. Да и сами патриархи выступали против монархов, начиная с древнейших времен и кончая «у нас бывшими замахами» (явный намек на патриарха Никона, который попытался возвыситься над царем Алексеем Михайловичем). Как видим, главной целью реорганизации было укрепление абсолютистской самодержавной власти, которая не могла терпеть «замахов» на нее со стороны патриарха и высшего духовенства, стремилась сделать церковь послушной исполнительницей воли царя.

14 февраля 1721 г., в день открытия Духовной коллегии, она была переименована Петром I в «святейший правительствующий Синод», которому было поручено и управление церковными вотчинами. Эти изменения сделали Синод, высший орган церковного управления, более представительным учреждением, чем должна была быть Духовная коллегия, и в известной степени приравнивали его к Сенату. Но, с другой стороны, Синод вскоре ставится в еще большую зависимость от царской власти. Это выразилось в том, что в 1722 г. должность президента Синода, назначаемого из духовенства, ликвидируется, и вместо него Синод должен был возглавляться обер-прокурором из офицеров. Обер-прокурор осуществлял полный контроль над Синодом и непосредственно подчинялся царю.

Синод стал высшим государственным органом по управлению делами православной церкви. Он назначал на духовные должности, истолковывал христианские догматы, вел борьбу с различного рода «ересями» и отступлениями от официального вероучения, обладал судебными правами в делах веры, брака и по некоторым преступлениям духовенства. На него возлагались также задачи по «исправлению духовного чина» с тем, чтобы поднять его авторитет и тем самым усилить идеологическое влияние церкви на народ.