Вторую группу составили «определенные» архиерейские дома и монастыри. Вотчины большинства из них делились на две части: с одной части доходы шли на содержание монастыря или архиерейского дома, эти вотчины и доходы с них стали называться «определенными», управление ими было возвращено их владельцам; с другой части вотчин доходы поступали в Монастырский приказ, эти доходы и вотчины получили название «заопределенных», и непосредственное управление ими по-прежнему оставалось в руках Монастырского приказа. У небольшой части «определенных» владельцев вотчины не делились на указанные две части, и «заопределенные» суммы брались из их общих доходов. «Определение» продолжалось до 1710 г., всего было «определено» 11 архиерейских домов и 60 монастырей, большая часть которых находилась в центре страны. По своим размерам и доходам это были крупнейшие феодалы.

Таким образом, на втором этапе реформы из-под управления Монастырского приказа были выведены все церковные владения окраинных епархий, в других епархиях — маловотчинные монастыри и архиерейские дома, а также «определенные» вотчины «определенных» владельцев. В итоге пределы ведомства Монастырского приказа резко сократились, в его непосредственном подчинении остались только «заопределенные» вотчины «определенных» монастырей и архиерейских домов. Если дать оценку происшедшим изменениям, то можно сказать, что на втором этапе церковной реформы правительство отступило от политики полной секуляризации церковных владений и перешло на позиции частичной их секуляризации. Главная причина такой переориентации была в том, что правительство убедилось в невозможности иметь какие-то доходы с маловотчинных духовных владельцев. Как и в первые годы реформы, оно получало теперь с церкви примерно 100 000 руб. в год.

Помимо сказанного, в это время происходит и еще одно очень важное событие. В конце второго этапа реформы Петр I приходит к мысли о необходимости реорганизации высшего управления церкви, точнее, о ликвидации патриаршества и замене его Духовной коллегией. В 1718 г. царь поручает видному церковному деятелю, псковскому архиепископу Феофану Прокоповичу подготовить особый документ, получивший название «Духовный регламент», в котором бы давалось обоснование намечавшемуся преобразованию и одновременно излагались функции и задачи нового органа высшей церковной власти.

На 1720–1721 гг. падает третий этап церковной реформы. Именно, указом от 17 августа 1720 г. закрывается Монастырский приказ, а указом 6 октября 1720 г. устанавливалось, что «заопределенные» вотчины, которыми ведал Монастырский приказ, возвращаются в управление их владельцев, но положенный с них «оклад Монастырского приказа», т. е. так называемого «заопределенные» сборы, должны поступать в государственную казну. Таким образом, с этого времени все земельные вотчины возвращались в управление их владельцев, однако часть доходов с них стала изыматься в пользу государства.