Как бы в ответ на это выступление правительство предпринимает меры, которые должны были усилить контроль светской власти за духовенством, особенно за его вотчинами. С этой целью указом от 12 июля 1726 г. Синод был разделен на два департамента. Первый департамент получил название «Духовного соборного правительства», но практически сохранил название «Синод». Он должен был ведать только религиозными делами (вопросы веры, христианской нравственности и т. п.) и мог непосредственно сноситься с Верховным тайным советом, которому представлял и финансовые отчеты. Второй департамент стал называться «Коллегия экономии синодального правления», он призван был управлять вотчинами духовенства и решать судебные вопросы. По своим делам он должен был входить с донесениями в Сенат.

Проведенная реорганизация, бесспорно, подорвала положение Синода и, следовательно, духовенства. Если раньше Синод имел право непосредственного сношения с монархом и подчинялся только ему, то теперь он ставился в подчиненное положение к Верховному тайному совету, являвшемуся совещательным органом при царе. Коллегия экономии, ведавшая экономическими делами, хотя формально и входила в Синод, но практически уже больше зависела от Сената. В итоге, можно сказать, светская власть усилила свое влияние на церковь.

Но борьба на этом не закончилась. В 1726–1730 гг. церковь приняла участие в противоборстве новой знати, возвысившейся при Петре I и выражавшей интересы основной массы дворянства, и старой родовитой аристократии, стремившейся к олигархическому правлению и ограничению абсолютистской власти. На стороне этой аристократии выступала и церковь. Вначале, при Петре II, ей удалось достичь определенных успехов. В частности, в составе Синода ведущее положение заняли представители духовенства, жаждавшие восстановления в церкви старых дореформенных порядков. Однако в борьбе, развернувшейся в начале 1730 г. в связи с избранием на престол Анны Ивановны, «верховники», стремившиеся к ограничению ее власти, и негласно поддерживавшая их церковная верхушка потерпели поражение. Вследствие этого в Синоде вновь оказались наверху сторонники петровских преобразования. Несколько позднее правительство Анны Ивановны наносит еще один удар по церкви. Воспользовавшись тем, что на церковных крестьянах накопились большие недоимки по сборам, оно обвинило в этом Синод, в 1738 г. изъяло из его ведения Коллегию экономии и передало ее в полное подчинение Сенату.

В 1741 г. на престол взошла отличавшаяся набожностью Елизавета Петровна. Идя навстречу пожеланиям духовенства, она в 1744 г. ликвидировала Коллегию экономии и управление церковными вотчинами вновь передала Синоду. Однако ей вскоре пришлось изменить свою политику. Недоимки на церковных крестьянах снова начали расти. Помимо этого, в духовных вотчинах развернулось широкое крестьянское движение. Все это, а также нужда в деньгах заставили императрицу встать на путь секуляризации церковных земельных владения. Для оправдания его она выдвинула прежний аргумент: «Дабы духовный чин не был отяпцаем мирскими попечениями». Указом от 30 сентября 1757 г. Сенату и Синоду предписывалось изменить управление церковными крестьянами, поручил его отставным офицерам. Однако духовенству удалось затормозить проведение этого указа в жизнь.