Таким был первый этап церковной реформы Петра I. Главная цель ее тогда состояла в том, чтобы использовать богатства духовенства на государственные нужды. Для достижения этой цели и была проведена фактически секуляризация всех вотчинных владений церкви. После выдачи монастырям и архиерейским домам содержания оставалось примерно 50 000 руб., которые изымались в казну. А всего вместе с доходами от оброчных владений, отобранных у церкви, государство стало получать с церковных имений около 100 000 руб. в год.

Второй этап петровской церковной реформы охватывает 1705–1720 гг. В начале его, вероятно в 1705 г., из ведения Монастырского приказа изымаются Новгородская, Псковская, Киевская, Астраханская и Сибирская епархии, и все находившиеся в их пределах церковные имения возвращаются в управление и распоряжение их прежних владельцев. Таким образом, происходит отступление от уже проведенной реформы. Основная причина этого отступления состояла в том, что подавляющее большинство монастырей в названных епархиях были маловотчинными и имели очень небольшие доходы, которых хватало только для удовлетворения собственных нужд. Среди них немало было и таких монастырей, которые вообще не имели крестьян и существовали только за счет государственной помощи (руги). Другими словами, здесь государство мало что могло получить с владений духовенства. Кроме того, все эти пять епархий являлись окраинными или пограничными, причем три из них, Новгородская, Псковская и Киевская, стали прифронтовыми, их территория превратилась в арену боевых действий в ходе начавшейся Северной войны. В данных условиях правительство Петра I было особенно заинтересовано в поддержке духовенства этих областей и, чтобы не раздражать его, вернуло ему прежние права и владения.

Примерно в то же время, в 1705–1706 гг., происходит еще одно существенное изменение первоначального плана реформы. Проводится так называемое «определение» содержания духовенству, т. е. выделение ему на потребление строго определенных денежных сумм, хлеба и земли. В результате все архиерейские дома и монастыри были разделены на две большие группы — «неопределенные» и «определенные».

В первую группу вошли владельцы, которые не подлежали «определению», и поэтому им возвращались в управление все их вотчины и доходы с них, на которые они и должны были содержать себя. Большей частью это были малосостоятельные владельцы, с которых государству нечего было взять. Лишь единицы в этой группе являлись крупными и богатыми вотчинниками, которых правительство, исходя из своих особых интересов, освободило от «определения» и тем самым вывело из-под удара. Всего «неопределенными» оказались 4 архиерейских дома и 238 монастырей.