15 сентября 1863 г. Линкольн ввел военное положение, санкционированное Конгрессом (Martial Law). Закон позволил президенту приостановить действие Habeas Corpus на всей территории Соединенных Штатов. Верховный суд постановил, что введение Линкольном военного положения (путем приостановления действия Habeas Corpus) является неконституционным. В его решении содержался протест против рассмотрения действий гражданских лиц военными судами. Но на практике данное постановление не выполнялось.

В 1863 г. Верховный суд в деле Миллигана (Milligan case) решал вопрос о законности арестов гражданских лиц[1606]. Предыстория этого дела состояла в том, что Лэмбдин Миллиган (1812–1899) и четверо его помощников были обвинены в заговоре с целью похищения оружия из правительственного арсенала и попытке освобождения военнопленных конфедератов из лагеря для пленных в Индиане[1607]. Они планировали использовать освобожденных военнослужащих, чтобы свергнуть правительство Индианы и установить там власть сецессионистов. Обвиняемые были признаны виновными и приговорены к повешению военным судом в 1864 г.[1608] Они были помещены в тюрьму, но приведение приговора в исполнение было отсрочено до мая 1865 г. с тем, чтобы они могли оспорить дело после окончания Гражданской войны.

Верховный суд постановил, что приостановление Habeas Corpus является законным, но действие военных трибуналов не распространяется на гражданских лиц там, где гражданские суды до сих пор действует, и в Конституции Соединенных Штатов предусмотрено приостановление Habeas Corpus, если только эти суды действительно закрыты. По сути, Верховный суд постановил, что военные трибуналы не могут судить гражданских лиц в районах, где гражданские суды были открытыми, даже во время войны. Однако, в целом, это не могло изменить ситуацию, поскольку были оккупированные штаты, где действовала только военная юрисдикция, или пограничные штаты, на которые распространялось действие военных законов частично.

В Миссури, например, военный закон действовал в районах, расположенных вдоль железных дорог и телеграфных линий. Как результат, было возбуждено множество дел против гражданских лиц, которых обвиняли в поджоге мостов, разрушении железнодорожного полотна или в перерезании телеграфных проводов. Также были обвинения в передаче информации врагу или распространении враждебной Союзу пропаганды[1609]. В приказе военного министра Стэнтона от 8 августа 1862 г. шерифам и местным чиновникам предписывалось заключать в тюрьму лиц, которые «действием, словом или печатными произведениями препятствуют набору в армию, или каким-либо образом помогают врагу, или замечены в других незаконных действиях против Союза», а их дела должны передаваться на рассмотрение военных комиссий. Один миссуриец был арестован за фразу: «Я не собираюсь подставлять свою задницу за звезды и полосы». По крайней мере, 350 человек было арестовано в ближайшие месяцы[1610].