Однако чехи думали иначе. Для них вхождение в германское государство означало гибель их национальных устремлений, конец их мечтам о самостоятельном чешском государстве. Помимо общих политических соображений, которыми они руководствовались, чувство самосохранения не позволяло им доверить Австрии и Германии свои, пусть самые элементарные, национальные права. Поведение обеих стран давало им также мало оснований для этого. Австрийцы и немцы уже с самого начала подчеркивали, что они не намерены терпеть «чешское инородное тело» в своем государстве и что чехи должны быть как можно скорее германизированы.

Чехи отказались участвовать во Франкфуртском парламенте. Палацкий послал во Франкфурт свое, ставшее широко известным письмо с отказом, в котором он подчеркивал, что наиболее приемлемым для чехов является сохранение Австрийской монархии в виде федерации свободных народов. Поступок Палацкого вызвал в Вене и среди немецкого населения Чехии и Моравии сильное возмущение. Говорили, что чехов можно принудить. Австрийский представитель во Франкфурте Шиллинг заявил: «Если не удастся Чехию включить в союз немецких государств путем уговоров, то мы включим ее в Германию с помощью меча». На эту угрозу Ригер на заседании Пражского национального комитета ответил: «Я вас спрашиваю, разве это не является насилием над правами народа? Члены Франкфуртского комитета заявили, что союз государей считается аннулированным (имеется в виду реакционное объединение немецких князей в предмартовский период), а вместо него создается свободное объединение народов, нам же они говорят: «если вы не присоединитесь к этом. у объединению, то мы принудим вас к этому мечом». На подобные аргументы нам придется отвечать при помощи цепов».

Рабочие и мелкая буржуазия заявили, что они будут бороться до последнего; крестьяне грозили, что каждому, кто их будет принуждать «идти во Франкфурт», они свернут шею. На улицах Праги произошли первые столкновения. Немецкие студенты срывали с чешских студентов их национальные кокарды, чешские же ответили на это тем, что побили стекла в магазинах, на которых развевались черно-красно-золотые (немецкие) флаги. Затем пришло распоряжение из министерства Пиллерсдорфа выбрать депутатов во Франкфуртский парламент. Чехи отказались принять участие в выборах, немцы высказались за участие. Вследствие этих разногласий произошел раскол Национального комитета. Немцы вышли из него и образовали свою самостоятельную организацию «Конституционный союз».

Выборы во Франкфуртский паоламент принесли «великогерманцам» плачевные результаты. От 62 чешских округов было избрано всего 20 депутатов и даже из числа этих 20 некоторые депутаты отказались от своих депутатских полномочий. В Праге было подано только три избирательных бюллетеня. Немцев не обеспокоили такие результаты голосования. Они называли чешское население, перед которым они до выборов заискивали, «глупой, отсталой массой» и объявили, что объединение с Германией все же состоится.