Братья Лихуды прибыли в Москву во второй половине XVII века с рекомендательной грамотой от восточных патриархов с целью помочь создать на

Руси высшую школу. Для вновь созданной Академии было построено специальное здание при монастыре Всемилостивого Спаса, известного под названием Заиконоспасского.

Созданная Академия была всесословным учебным заведением. Состав ее учащихся был пестрым. Вот как описывает его современник тех событий: «Сыновья кабального человека, солдата, конюха, купца соседствовали с детьми высших аристократических фамилий, таких как Одоевские или Голицыны». Около половины учащихся Академии были детьми бедноты. Некоторые из дворян не слишком жаловали академию из-за того, что «в оной много подлости», то есть простонародья. Многие ученики-простолюдины подрабатывали, чтобы прокормиться. Такова была участь и знаменитого выпускника Академии Михаила Васильевича Ломоносова. «Мне нельзя было тратить стипендии более чем на один ломоть хлеба и кружку кваса в день, – вспоминает Михаил Васильевич, – остальное уходило на бумагу, чернила и другие нужды. Таким образом жил я пять лет, но наук не оставил».

По характеру своего образования Академия была подобна западноевропейским университетам, которые выпускали не только богословов, но и специалистов для государственной службы, переводчиков, медиков, преподавателей, причем не только для России.

Весь академический курс продолжался около 15 лет. Начинался он с подготовительного класса, который назывался «школой словенского книжного писания», где обучали русской грамоте. После него ученики переходили в «школу греческого книжного писания», где изучали славянскую и греческую грамматику и латынь. Успешно окончившие этот курс приступали к высшей ступени обучения, на которой преподавание шло только на греческом языке. Здесь изучали пиитику, риторику, логику, диалектику, богословие и физику.

Лихуды сами составляли учебники по всем основным предметам, следуя образцам учебных книг европейских университетов. Так, например, в учебниках логики и физики они ориентировались на Аристотеля, который был тогда главным авторитетом в европейской науке. «Уже несколько веков, – пишет Иоанникий в предисловии к своей физике, – все почти академии и университеты избрали Аристотеля вождем и главою, поэтому и мы намерены следовать ему». Однако братья не копировали слепо западную систему. Они критически переосмысливали материал с позиций православного учения. Этим Славяно-греко-латинская академия отличалась от западных университетов: она была православной школой, ее характер определялся не западно-христианской схоластикой или умозрительным рационализмом, а учением святых отцов.