Однако ориентация на широкое гуманитарное образование вызывала подозрение у особо недоверчивых к грекам чиновников. Современник этих событий пишет: «Паки навет и вражда воста на богомудрейших и изящнейших в словесех учителей, и злоба… повеле оных основателей школьных в благоразумии же и во благонравии изряднейших и дивных мужей от школ отлучити». Братьев переводят в Новгород. Но и там Лихуды не оставляют того дела, ради которого они приехали в Россию. Они основывают в Великом Новгороде вторую высшую школу, которая впоследствии была оценена как образцовая. Выпускники новгородской школы открывают учебные заведения в Переславле, Коломне, Туле, Орле и становятся рассадниками просвещения для многих городов России.
Основная заслуга братьев Лихудов состояла в том, что они смогли подготовить себе смену и создать систему, способную обеспечить преемственность. Академия и после них продолжала существовать и выполнять стоявшие перед ней задачи. Кроме создания высших учебных заведений, братья Лихуды приняли активное участие в полемике с западными христианами, защищая основы восточного Православия, а также в исправлении славянского перевода Библии. Все направления их деятельности неразрывно связаны между собой и имеют одну общую цель – защиту чистоты Православия в России.
В 1755 году, через 15 лет после смерти последнего из двух братьев, было принято решение выделить богословский факультет Академии в отдельное учебное заведение, а самой Академии присвоить наименование Московского университета.
Академия оказала глубокое воздействие на всю духовную и культурную жизнь России того времени. Уже первые ее выпускники внесли значительный вклад в отечественное духовное просвещение. Среди них: великий ученый-энциклопедист Михаил Ломоносов, математик Леонтий Магницкий, первый русский доктор медицины Петр Постников, поэт и дипломат Антиох Кантемир, поэт Карион Истомин, архитектор Василий Баженов и многие другие.
Значение Московской Академии не ограничивается национальными масштабами. Она стала рассадником богословских знаний не только для Русской Православной Церкви, но и для других Поместных Церквей. Среди учеников Славяно-греко-латинской академии были греки, грузины, поляки, литовцы, выходцы из Македонии и Трансильвании. Можно сказать, что Академия оправдала надежды восточных патриархов и стала центром богословского образования общеправославного значения.
Святитель Митрофан, епископ Воронежский
Святитель Митрофан, епископ Воронежский
В 1682 году в Москве на большом Поместном Соборе Русской Православной Церкви было решено учредить новую архиерейскую кафедру у южных рубежей Руси, в городе Воронеже. Первым епископом на этом же соборе был избран игумен одного из северных монастырей Митрофан.