Но Молчанов недолго работал с Фрунзе — больших перспектив адъю­тантская должность не сулила. После окончания Уральско-Гурьевской операции (2 ноября 1919 — 10 января 1920), когда войска Фрунзе взяли Гурьев и восстановили советскую власть в Уральской области, Молчанов перешел на чекистскую работу и убыл на Северный Кавказ.

Он больше не встречался с Фрунзе. 31 октября 1925 года наркомвоенмор скончался на операционном столе в Солдатенковской (ныне Боткинской) больнице. И сразу пошли разговоры о том, что «Фрунзе заре­зали». Версии обсуждались разные. Одни полагали, что операция вовсе не была нужна. Другие настаивали, что хирурги действовали нарочито неумело. Третьи утверждали, что ему сознательно ввели двойную дозу хлороформа, убийственную для его слабого сердца. Говорили, что Фрун­зе оказался жертвой жестокой политической игры в Кремле.

Бывший секретарь Сталина Борис Георгиевич Бажанов, бежавший в январе 1928 года за границу, писал: «Фрунзе Сталина не очень устраи­вал, но Зиновьев и Каменев были за него, и в результате длинных пред­варительных торгов на тройке Сталин согласился назначить Фрунзе на место Троцкого наркомвоенмором и председателем Реввоенсовета, а Ворошилова его заместителем...

Фрунзе был способным военным. Человек очень замкнутый и осто­рожный, он производил на меня впечатление игрока, который играет в какую-то большую игру, но карт не показывает. На заседаниях Полит­бюро он говорил очень мало и был целиком занят военными вопросами».

Бажанов, пожалуй, единственный, кроме Молчанова, кто увидел во Фрунзе политического игрока. Возглавив военное ведомство, Фрун­зе отменил институт военных комиссаров и поставил во главе воен­ных округов и соединений командиров, «подобранных по принципу военной квалификации, но не по принципу их коммунистической преданности». Бывший сталинский помощник разглядел в этом далеко идущий замысел: «Я был тогда уже скрытным антикоммунистом. Глядя на списки высшего командного состава, которые провел Фрунзе, я ста­вил себе вопрос: “Если бы я был на его месте, какие кадры провел бы я в военную верхушку?” И я должен был себе ответить: именно эти. Это были кадры, вполне подходившие для государственного переворота в случае войны...»

Бажанов привел слова еще одного личного помощника Сталина — Льва Захаровича Мехлиса, который позже стал заместителем наркома обороны и начальником Политуправления Красной армии:

«Что думает Сталин относительно новых назначений в армии? Ничего хорошего. Посмотри на список: все эти Тухачевские, корки, уборевичи — какие это коммунисты? Все это хорошо для 18 брюмера, а не для Красной армии».