Дисциплина в частях Северо-Восточного фронта практически отсутствовала. Существовало «выборное начало, имела место большая склонность командного состава выносить распоряжения высших властей и другие вопросы на обсуждение митингов».
Заняв должность адъютанта председателя Реввоенсовета фронта Брегадзе, которого он хорошо знал по совместной службе в 4-й красной армии, Молчанов занялся «укреплением командования, установлением порядка и дисциплины в войсках». «Красное воинство», сформированное по месту жительства и передвигавшееся на телегах вместе с семьями, не признавало дисциплины. Красноармейцы запросто убивали командиров и комиссаров, если те пытались навести порядок.
Новое назначение Молчанова совпало с очередным мятежом. Повстанцы захватили здание Реввоенсовета фронта, застрелили начальника особого отдела фронта Марикова, ранили командующего фронтом Астраханцева, избили Брегадзе... Неимоверными усилиями Молчанову удалось уговорить восставших красноармейцев возвратиться на боевые позиции. Постепенно положение на Северо-Восточном фронте стабилизировалось — красные войска перешли в наступление и, преодолев сопротивление белоказаков, соединились 3 октября 1919 года с 1-й Туркестанской красной армией.
Молчанов стал адъютантом Фрунзе. Тот не любил вмешиваться в тайные дела чекистов, поэтому возложил на Молчанова все контакты с представителями карательных органов.
Историк Михаил Тумшис считает, что своим восхождением на чекистский олимп Молчанов обязан Фрунзе: «...период работы с ним сыграл в жизни Георгия огромное значение...» После Муравьева Молчанов увидел во Фрунзе нового «красного Бонапарта» — разговоры об этом велись.
Уже в наши дни академик Юрий Поляков, оценив личность Фрунзе, пришел к выводу, что Михаила Васильевича ждало большое политическое будущее: «Фрунзе обладал всеми качествами, необходимыми выдающемуся революционеру: горячее сердце и холодный ум, романтизм и прагматизм, смелость, личное мужество, бесстрашие без рисовки и авантюризма. Скромный в быту, не увлекшийся возможностями, которыми обладали обитатели Кремля, Фрунзе являл собой образец подлинного революционера.
Без нервозности и издерганности Дзержинского, без сталинского дальнеприцельного честолюбия, умения закулисно приближать будущее, сочетая без самовлюбленности Троцкого и Зиновьева деловитость Рыкова и разумное спокойствие Каменева. Подпольщик, партийный руководитель, крупнейший полководец Гражданской войны, выдающийся деятель мирного строительства, он более всего подходил к роли преемника Ленина»[55].