Еще будучи начальником отдела ГПУ Горской АССР, Долгирев подозревал своего заместителя в причастности к исчезновению казны эмира Узун-Хаджи, провозгласившего образование Северо-Кавказского эмирата, но ликвидированного его соплеменниками, купленными за фальшивые деньги. В 1927 году из Ходжента Долгирев отправил в ОГПУ рапорт, в котором изложил свои подозрения в отношении Молчанова. Этот рапорт явился поводом знакомства зампреда ОГПУ Ягоды с Молчановым, возглавлявшим тогда Иваново-Вознесенский губотдел ОГПУ.
До того времени Молчанов успел поработать в Сибири заместителем начальника Новониколаевского губотдела ОГПУ: полученный им в Чечне опыт борьбы с бандитизмом решили использовать при ликвидации вооруженных банд, скрывавшихся в тайге после разгрома Западно-Сибирского крестьянского восстания.
Но для Молчанова главным врагом в Новониколаевске стали не бандиты и эсеры с меньшевиками, а жена его непосредственного руководителя — начальника Новониколаевского губотдела ОГПУ Бака. Феоктиста Николаевна Жаркова-Бак, будучи помощником окружного прокурора, опасалась, как бы Молчанов не занял пост ее мужа. Поэтому она постоянно сигнализировала в партийные и чекистские инстанции «о моральном разложении Молчанова: приехал на новое место службы с двумя женами — молодыми девчонками, катался бешено на автомобилях, странно общался с людьми и вообще вел себя размагниченно...»
Так ли это было в действительности, сказать трудно: деньги у Молчанова водились, и в маленьких удовольствиях он себе не отказывал. Снять его с должности не давал Павлуновский, который, в свою очередь, опасался Бака как возможного претендента на пост сибирского полпреда ОГПУ.
В такой обстановке мелких ведомственных склок Молчанов провел в Новониколаевске два года. Он был уже готов уходить из органов. В Сибири его держало только золото, спрятанное сургутским урядником Волковым в верховьях реки Вах.
О ценностях Сибирского белого движения, вывезенных в сентябре 1919 года из Тобольска по рекам Иртыш и Обь на восток и пропавших в таежных урманах Среднего Приобья, Молчанов узнал от Михаила Бонифатьевича Шатилова, бывшего министра туземных дел во Временном Сибирском правительстве 1918 года.
После неожиданного для колчаковцев захвата красными Омска в руки сибирских чекистов попали архивы правительственных, дипломатических, военных, разведывательных и контрразведывательных органов противника. На основании этих документов было объявлено в розыск 5750 активных белогвардейцев, карателей и агентов колчаковской контрразведки. Сибчека организовала учет всех находившихся в Сибири белых офицеров и чиновников временных антисоветских правительств, ввела их обязательную регистрацию. Шатилова заключали под стражу в 1920 и 1921 годах.