Балтийский сдал Фрунзе должность и остался при нем «для поруче­ний» — фактически в качестве военного советника. Начальником штаба армии Фрунзе взял бывшего генерал-лейтенанта царской армии Федо­ра Федоровича Новицкого. Обладая такой сильной командой, Фрунзе быстро учился у своих военных наставников.

Командовать армией оказалось непросто. Один командир бригады, получив от Фрунзе выговор, обратился за подмогой к своим подчинен­ным, и те вызвали командарма для объяснений. Другой комбриг по­требовал отвести его часть в тыл на отдых, угрожая в противном случае бросить позиции. Третий вообще отказался исполнять боевой приказ...

Фрунзе действовал где уговорами, а где и жесткостью. Молчанов тайно ликвидировал наиболее авторитетных бунтовщиков, и коман­дарм эту помощь оценил и запомнил.

13 июля Фрунзе стал командующим войсками Восточного фронта — вместо Сергея Сергеевича Каменева, назначенного главкомом. Но уже че­рез месяц фронт разделили на два — Восточный и Туркестанский. Фрунзе возглавил Туркестанский фронт, штаб которого разместился в Ташкенте.

Огромный Туркестанский край состоял из Сырдарьинской, Фер­ганской, Самаркандской, Закаспийской и Семиреченской областей. Ос­новную массу населения составляли узбеки, казахи, киргизы, таджики, туркмены, каракалпаки...

Годом раньше 19 декабря ЦК решил объединить соперничавших между собой военных контрразведчиков и чекистов. В каждом фронто­вом управлении и в каждой армии создали особый отдел ВЧК, в диви­зии — особые отделения. Задача — бороться со «шпионажем, изменой Родине и другими контрреволюционными преступлениями».

Эта реорганизация спецслужб совпала с вооруженным мятежом в Ташкенте, который возглавил окружной военный комиссар Осипов. Мятежники разгромили Туркестанскую ЧК и расстреляли ее предсе­дателя Фоменко. На подавление этого мятежа в числе других чекистов Восточного фронта направили по просьбе Фрунзе и Молчанова. Его назначили начальником особого отдела в Самарканде, но на новом месте у него не заладились отношения с начальником особого отдела Туркестанского фронта Глебом Ивановичем Бокием. Фрунзе не хотел ссориться с Бокием, который, как и он сам, был сторонником военно­го вторжения в Бухарское ханство, свержения эмира и присоединения Бухары к Советской России. Чекисты Бокия устранили всех привержен­цев мирных отношений с Бухарой, сфабриковав дело «бухарской шпи­онской организации», хотя сами признали позднее: «Следствием факти­ческого шпионажа не установлено, а есть только намеки...»

Поэтому Фрунзе предложил Молчанову отправиться в штаб создан­ного в апреле 1919 года южнее Актюбинска Северо-Восточного фронта с задачей — преградить путь войскам Колчака в советские районы Ка­захстана и Туркестана. Его и фронтом назвать было трудно: всего лишь восемь тысяч бойцов, которым противостояли белоказачьи части гене­рала Белова. Красные войска несли здесь поражение за поражением.