Чтобы не возбуждать лишних слухов, «Известия» сообщили, что предатель Муравьев «застрелился, осознав провал своей авантюры».
Не исключено, что Молчанов, как прилежный ученик торговой школы, раньше других просчитал крушение плана Муравьева «все и сейчас» и, воспользовавшись темнотой и паникой, стал тем «честным гражданином», которого так искал Ленин.
Трофимовский пытался сбежать на флагманской «Миссури», но в Чебоксарах пароход перехватили чекисты — кто-то известил их о секретном речном маршруте. Здесь «снабженцу» Восточного фронта предъявили обвинение «...в грабежах, истязании своих подчиненных и растрате народных денег». В его архивном следственном деле имеется телеграмма Дзержинского от 16 сентября 1918 года с указанием «снять последний допрос с Трофимовского и немедленно расстрелять».
Из всей харьковской компании в живых оставили только Молчанова. Адъютанта Муравьева Юрова расстреляли еще в Одессе за то, что он продавал конфискованные особняки их прежним владельцам.
Обнаруженные в трюме «Миссури» фальшивые деньги были использованы для разложения белогвардейского тыла. А оставленные после ликвидации Муравьева без присмотра российские национальные ценности — золотой запас бывшей империи — захватила 6 августа в Казани белая дружина подполковника Каппеля.
Тогда же Молчанов стал помощником начальника наблюдательного отдела военного контроля при штабе Восточного фронта. Так первоначально называлась военная контрразведка, подчинявшаяся наркомвоенмору Троцкому. Ее обязанности: «...обнаружение, обследование всяких шпионских организаций и производство расследования по этим делам...». Рядом существовала подчиненная Дзержинскому фронтовая ЧК, которой была поручена «борьба с контрреволюционными элементами в войсках...».
В ноябре 1918 года Молчанова перевели в «купеческую столицу» Самару заведовать пунктом военного контроля 4-й красной армии, в которой процветала партизанщина. Командарм Александр Алексеевич Балтийский, бывший царский генерал-лейтенант, окончивший две академии — морскую и генерального штаба, не мог совладать с этой буйной вооруженной толпой. Дело дошло до убийства члена Реввоенсовета Гавриила Давидовича Линдова-Лейтейзена и военного комиссара армии Владимира Петровича Мяги.
Обуздать мятежников Москва послала Михаила Васильевича Фрунзе. 11 февраля 1919 года он телеграфировал председателю ВЦИК Якову Михайловичу Свердлову: «Прибыл лично в расположение армии, ознакомился с составом и настроением, а равно с командным составом и политработниками. Требуются большие персональные изменения. Необходимо тщательное расследование всей деятельности не только мятежных частей, но и всего руководящего персонала армии...»