Тогда же Молчанов сошелся с Саррой Ноевной Циммерлинг, которая приехала в Иваново-Вознесенск после окончания экономического факультета МГУ. Сыграли свадьбу. Родилась дочь. Жена работала вначале инструктором отдела труда хлопчатобумажного треста, затем заведующей технико-нормировочным отделом фабрики «Ивановская мануфактура».
В 1929 году в связи с образованием Иваново-Промышленной области, в состав которой вошли Владимирская, Ивановская, Костромская и Ярославская губернии, Молчанова назначили полномочным представителем ОГПУ по ИПО. Он получил возможность формировать чекистский аппарат региона «под себя»: двое из наиболее преданных ему сотрудников впоследствии отправились с ним на Лубянку.
«Советским Зубатовым» называли Молчанова в ОГПУ-НКВД. Возглавив в 1931 году советский политический сыск, он за пять лет воплотил в жизнь мечту начальника Московского охранного отделения Департамента царской полиции Сергея Васильевича Зубатова — поставил почти все взрослое населения страны на оперативный учет.
Созданная им учетная база, а не доносы завистников, злопыхателей, провокаторов и партийных фанатиков (хотя и доносов было немало) стали «питательным ресурсом» для массового террора 1937—1938 годов[57].
Секретно-политический отдел в ОГПУ был немногочисленным и простым по структуре. На 1934 год его численность (с учетом периферийных аппаратов) составляла всего лишь 2400 человек. СПО состоял из четырех отделений.
Первое отделение, так называемое «рабочее», занималось освещением «рабочей массы и всех слоев, соприкасающихся с таковой», а также разработкой «антисоветских партий, антипартийных группировок и организаций (кадеты, меньшевики, анархисты, бундовцы, сионисты, троцкисты, мясниковцы и др.)».
Второе отделение — «крестьянское» — разрабатывало кулацкие повстанческие организации и контрреволюционные организации в среде сельской интеллигенции. В его ведение входили учет и освещение, обслуживание политических и хозяйственных кампаний, контроль над советскими органами и сельскохозяйственными заведениями, а также за «антисоветскими партиями, опирающимися в своей основной массе на деревню: правыми и левыми социалистами-революционерами, народными социалистами-трудовиками, трудовой крестьянской партией».
Третье отделение — «городское» — опекало церковных служителей всех культов, проповедников многочисленных религиозных сект. Интересовали его и «бывшие люди»: чиновники царской России, Временного и различных белых правительств, фабриканты, купцы, нэпманы. В функции этого отделения входило также оперативное обслуживание органов милиции.