В 1922 году на XI съезде партии Томский под аплодисменты делегатов заявил: «Нас упрекают за границей, что у нас режим одной партии. Это неверно. У нас много партий. Но в отличие от заграницы у нас одна партии у власти, а остальные в тюрьме!» И он не шутил. В дни пресловутого Шахтинского дела, до такой степени шитого белыми нитками, что даже ближайшие сталинские соратники сомневались в целесообразности устраивать открытый процесс, Ворошилов в записке Томскому от 2 февраля 1928 года спросил: «Миша, скажи откровенно, не вляпаемся ли мы при открытии суда в Шахтинском деле? Нет ли перегиба в этом деле местных работников, в частности краевого ОГПУ?» Томский ответил: «По Шахтинскому и вообще по угольному делу такой опасности нет. Это картина ясная. Главные персонажи в сознании. Мое отношение таково, что не мешало бы еще полдюжины коммунистов посадить». Через несколько лет, увидев в газете «Правда» собственную фамилию среди той самой полудюжины коммунистов, которых «не мешало бы посадить», он безо всяких иллюзий и проволочек покончил с собой.
Дача Томского в Болшеве находилась рядом с Болшевской трудовой коммуной имени Ягоды, известной всей стране по первому советскому звуковому кинофильму «Путевка в жизнь». Это обстоятельство наверняка вызывало особое раздражение Томского, даже ненависть к погубившему его Ягоде. За свою сломанную жизнь он решил расквитаться с главарями НКВД. Он оставил письмо о принадлежности Ягоды к правой (бухаринско-рыковской) оппозиции. В тот же день 22 августа на дачу Томского бросился Молчанов, но вдова (видимо, выполняя предсмертную волю мужа), скрыла от него письмо, а позднее передала его в ЦК Ежову. Тот, прочитав письмо, воскликнул: «Ай да Мишка, молодец! Это документ огромной важности...»
О компрометирующих Ягоду и верхушку НКВД материалах Ежов доложил находившемуся на отдыхе в Сочи Сталину.
25 сентября 1936 года Сталин и Жданов послали Кагановичу и Ворошилову историческую шифровку за № 1360/ш. В отличие от большинства других шифро гелеграмм ее передали только по каналам партийной связи, не дублируя по линии связи НКВД, чтобы Ягода не узнал ее содержание.
Предлагалось: «...абсолютно необходимым и срочным делом назначение т. Ежова на пост наркомвнудела. Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачения троцкистско-зиновьевского блока. ОГПУ опоздало в этом деле на четыре года...»
Спустя день Сталин, чтобы успокоить Ягоду, предложил ему новое назначение — наркомом связи: «Наркомсвязь — дело очень важное. Это наркомат оборонный. Я не сомневаюсь, что Вы сумеете этот наркомат поставить на ноги. Очень прошу Вас согласиться на работу в Наркомсвязи. Без хорошего наркомата связи мы чувствуем себя как без рук. Нельзя оставлять Наркомсвязь в нынешнем состоянии. Ее надо срочно поставить на ноги».