На самом деле Паточка скорее лишь раскрывал подрывную тенденцию, которая всегда таилась в феноменологии. Призыв Гуссерля вернуться к «самим вещам» был и призывом игнорировать идеологии, такие как марксизм. Это был призыв к критической самодостаточности, с отбрасыванием всех догм в эпохé. Можно даже проследить этот антидогматический дух вплоть до молодого Франца Брентано, который отказался признать непогрешимость Папы Римского и был наказан отстранением от должности преподавателя. Паточка отказался признать непогрешимость коммунистической партии по очень схожим причинам. Брентано передал дух скептического отказа Гуссерлю, Гуссерль передал его Паточке, а Паточка теперь передал его Гавелу и многим другим.

Что касается непосредственно Паточки, то он и сам был активистом. В 1976 году, в возрасте семидесяти лет, когда проблемы со здоровьем уже давали о себе знать, он вместе с Гавелом и другими подписал знаменитую декларацию политической оппозиции, известную как Хартия 77. Ее можно было бы назвать «Хартией философов»: среди ее основных представителей в течение последующих тринадцати лет почти треть (двенадцать из тридцати восьми) были либо философами, либо бывшими студентами философских факультетов, многие из них учились у Паточки.

Чешское государство немедленно начало преследовать подписантов хартии. С января по март 1977 года Паточку регулярно допрашивали в Ружинской тюрьме. Его допросы были скорее изнурительными, чем жестокими, но они длились целыми днями и изматывали его. Гавел видел его однажды в комнате ожидания для заключенных, где их оставляли сидеть перед допросами — ритуал, призванный усилить тревогу. Паточка, казалось, совершенно не беспокоился, он говорил с ним о философии.

В тот же день, после допроса, Гавела заключили в тюрьму. Паточку освободили, но в последующие месяцы вызывали снова и снова. В конце этого периода он написал «Политическое завещание», в котором сказал: «Необходимо, чтобы люди всегда вели себя достойно, не позволяли себя запугивать и терроризировать и говорили правду». Это звучит так просто: призыв говорить о вещах как они есть, без прикрас.

Однажды в начале марта Паточку допрашивали особенно долго — одиннадцать часов. Он снова разозлил режим, связавшись с посетившим его министром иностранных дел Нидерландов Максом ван дер Стулом, чтобы заручиться его поддержкой Хартии 77. На следующий день после этого Паточка упал в обморок. Его доставили в больницу, где он умер. Это случилось 13 марта 1977 года.

На похоронах, которые прошли на Бржевновском кладбище в Праге, присутствовали тысячи людей. Власти не препятствовали их проведению, но всячески саботировали это событие. Иван Клима, присутствовавший на церемонии, вспоминает, как они послали мотоциклистов на близлежащую трассу, а сверху постоянно кружил вертолет — чтобы речи собравшихся не были слышны. Присутствующие полицейские повернулись спиной к могиле. Некоторые демонстративно фотографировали лица в толпе.