Главными вопросами Тайного совета были национальная оборона и укрепления. До 1585 года его полномочия относительно призывов в ополчение регулировались приказами за большой государственной печатью. Тайные советники контролировали исполнение принятого при королеве Марии Акта о наборе ополченцев и конных доспехах и вооружении; в каждое графство назначались уполномоченные по набору войск, которые имели приказ следовать инструкциям Совета. Поскольку лорд – хранитель Большой государственной печати имел право королевскими патентными письмами «изменять или возобновлять» комиссии по набору в армию (что он делал только по решению Совета), Тайный совет снова осуществлял корпоративный контроль[742]. После 1569 года имена и приходы проживания людей, зачисленных в армию, надлежало регистрировать на местах, тогда как после 1573 года подчеркивалась необходимость в достаточной мере обучить по крайней мере часть из военнообязанных. Когда нависла угроза войны с Испанией, подготовили всеобъемлющие отчеты о местных милиционных армиях, кораблях и судовых командах, береговых фортах и крепостях, количестве бойцов, назначенных в каждом графстве на службу в обученных отрядах и о наличных запасах пушек и боеприпасов[743].Впоследствии Тайный совет управлял военной экономикой по указанию Елизаветы, планируя военное и военно-морское снабжение и выпуская ордера на воинский призыв, мобилизацию и укрепление береговых фортификаций.

Тем не менее наиболее значимым нововведением был институт лейтенантов, ставший постоянным в 1585 году. Тогда как раньше назначения лейтенантов были временными, предназначенными для того, чтобы подчинить новобранцев графства одному командиру, то начало войны с Испанией определило новый курс. Должности лейтенантов были учреждены почти для всех графств Англии и Уэльса, а продолжительность этой войны привела к тому, что во многих случаях назначенные лейтенанты оставались на своем посту до конца жизни. Лордом-лейтенантом обычно становился самый знатный из местных дворян или старший из тайных советников этого округа[744]. По должности лейтенанту полагалось как можно лучше обеспечить оборону своего округа, для чего он имел полномочия призывать в армию всех годных к службе за границей или в подготовленных отрядах, вооружать и обучать их, а при необходимости наказывать по законам военного времени. Если возникала необходимость в военном суде, то для его проведения требовалось назначить начальника военной полиции. И наконец, все другие местные власти должны были подчиняться и содействовать лейтенанту и его заместителям[745].