Самой безотлагательной задачей Тайного совета после 1559 года стало приведение в исполнение елизаветинского религиозного урегулирования в графствах. В частности, зоной ответственности Совета было выявление и при необходимости наказание католических рекузантов. С этой целью в октябре 1564 года мировым судьям и другим официальным лицам графства и городов было приказано провести перепись. Епископам поручили ранжировать лидеров провинциального общества по их отношению к религиозному урегулированию; им полагалось назвать имена людей, достойных назначения на должности, и указать руководителей, которых следует сместить; а также проконсультироваться с известными сторонниками урегулирования в своих епархиях из джентри и по их совету предложить меры для подавления рекузанства и продвижения протестантства. В результате Тайный совет получал обширную информацию, позволявшую контролировать назначения в городах и графствах. Отдаленный эффект в графствах, возможно, не был существенным, поскольку из мировых судей, фигурирующих в дошедших до нашего времени отчетах, 431 назвали способствующими урегулированию, 264 – нейтральными или «беспристрастными» и только 157 человек – мешающими или противодействующими. Однако с ростом населения и ввиду миграции безземельных работников в города Тайный совет пользовался своими полномочиями, чтобы обеспечить удаление противников урегулирования с общественных должностей в интересах порядка и следования догматам англиканской церкви[740].

Кроме того, Тайный совет вел список католических рекузантов, находящихся в Англии и бежавших за границу. Согласно статуту 1381 года, никто не мог приехать в Англию или покинуть королевство, если он не рыбак или торговец или не имеет королевского разрешения. Условия этого закона Совет начал серьезно проводить в жизнь. В марте 1583 года Уолсингем записал в своем дневнике под заголовком «Коровий загон» (Cowncell): «Декларация портам»; «Осмотр чужестранцев» и «Рекузанты, иезуиты [и]… другие упрямые богохульствующие паписты». В кризисные моменты Тайный совет демонстрировал силу «интернированием» или наложением штрафов на известных рекузантов в графствах, а также конфискацией их доспехов и оружия, тогда как менее значимых людей отправлял под надзор местного протестантского священства или мировых судей. После Северного восстания и папской буллы Regnans in excelsis Тайный совет регулярно запрашивал у мировых судей и епископов епархий списки людей, отказывающихся посещать англиканскую церковь. Во время войны с Испанией Тайный совет, естественно, постоянно занимался проблемой рекузантства. Он начал применять карательные законы против рекузантов из джентри, которые считались угрозой государственной безопасности, тогда как рекузантов, считавшихся лояльными Елизавете, обязывали сохранять спокойствие или оставаться в пределах 3 миль от своих домов и не общаться с другими рекузантами[741].