После подавления восстания декабристов Морской музей по приказу Николая I распустили и превратили снова в Модель-камеру с экспозицией лишь 600 моделей военных кораблей. Однако в 1867 году по требованию морских офицеров музей вновь возродили.
После государственного переворота в октябре 1917 года Совет Народных Комиссаров принял постановление, завизированное В. И. Лениным, согласно которому Народному комиссариату по морским делам из средств Государственного казначейства был выделен сверхсметный кредит в 5000 рублей для приведения в порядок Центрального Военно-морского музея в Петрограде. Отделы музея оказались тогда перегруженными, помещений не хватало, поэтому в период в 1939–1941 годов для Центрального Военно-морского музея выделили реконструированное здание бывшей Фондовой биржи на Васильевском острове.
В начале нового, XXI столетия Комитет государственного контроля, использования и охраны памятников (КГИОП) и его председатель В. Дементьева выдвинули идею о переносе Центрального Военно-морского музея в здание Крюковских морских казарм на правом берегу реки Мойки и Крюкова канала, 67/2. Одновременно с этим КГИОП предлагал реанимировать статус старинной Петербургской биржи, основанной Петром I, служившей долгие годы центром для заключения торговых сделок русского купечества и способствовавшей росту международных торговых связей и все более крепнущему экономическому могуществу России. Здание Биржи на Пушкинской площади, 4, возводившееся в период 1805–1816 годов великими русскими зодчими Дж. Кваренги, Т. Томоном и А. Д. Захаровым, после его реставрации, по мнению сегодняшних предпринимателей, могло бы возродить цели и принципы некогда старинного основного торгового центра Санкт-Петербурга.
Председатель КГИОП В. Дементьева, выдвигая предложение о переезде экспозиции Центрального Военно-морского музея в здание Крюковских морских казарм, полагала: «Отреставрированные казармы для музея – это идеальный вариант. В этом случае он останется в центре города, а его новая площадь станет в три раза больше старой. К этому еще необходимо прибавить, что ближайшим соседом в этом случае станет старинный военно-морской объект Петра I – Новая Голландия, расположенная на другом берегу Крюкова канала».
Предложение, скажем, вполне рациональное. И оно всеми было принято. В 2011 году начался постепенный переезд экспозиции Центрального Военно-морского музея в здание Крюковских морских казарм. Вероятно, он бы завершился благополучно для всех, если бы переездом старинного музея вдруг не заинтересовалась Военная прокуратура. Оказалось, что где-то по дороге с Васильевского острова, из здания Биржи, в отреставрированные Крюковские казармы пропало более половины денег (735 млн рублей), выделенных Военным министерством для переезда музея.