Проверка Счетной палаты обнаружила крупные нарушения в расходовании финансовых средств при переезде музея из занимаемого им здания Биржи, расположенного на Васильевском острове, в Крюковские морские казармы на правом берегу реки Мойки. Оказалось, что на перемещение из Центрального Военно-морского музея в новое здание более чем 700 тысяч музейных экспонатов Министерство обороны выделило 986 млн рублей. В ходе первых же проверок аудиторы Счетной палаты признали абсолютно неэффективным использование администрацией музея более 100 млн рублей. По данным газеты «Петербургские вести», аудиторская проверка обнаружила отсутствие финансовых документов, подтверждающих расходы на переезд Центрального Военно-морского музея на сумму 500 млн рублей, а часть финансовых документов была оформлена ненадлежащим образом. Более того, несмотря на весьма длительные сроки переезда музея, вся его экспозиция оказалась не перевезенной в новое здание в установленные сроки.

В ходе расследования сотрудниками Главного военного следственного управления были проведены обыски в помещениях Центрального Военно-морского музея и в квартире его директора Андрея Лялина. Следствие установило, что в декабре 2010 года Министерство обороны Российской Федерации заключило с ООО «НЕВИСС-Комплекс» государственный контракт на выполнение комплекса мероприятий по перемещению фондов и экспозиций ЦВММ Министерства обороны России из помещений бывшей Биржи на Васильевском острове в новое отреставрированное здание Крюковских морских казарм в Санкт-Петербурге. Тогда же военное ведомство в качестве аванса перечислило на расчетный счет ООО «НЕВИСС-Комплекс» более 295 млн рублей. В течение года на основании актов приема-передачи оборудования и приемки оказанных услуг, подписанных Лялиным, государство перечислило коммерческой организации еще более 690 млн рублей. По оценкам специалистов, значительная часть оплаты была произведена на основании фиктивных документов. Спустя годы после исполнения госконтракта ООО «НЕВИСС-Комплекс» так и не выполнило в полном объеме проектные, монтажные и упаковочно-транспортные работы, а также недопоставило оборудование. Указанными действиями государству причинен ущерб на сумму более 400 млн рублей.

13 апреля 2013 года Петербургское телевидение сообщило, что в мошенничестве, совершенном в особое крупном размере (ч. 4 ст. 159 УК РФ), подозревается директор ЦВММ Андрей Лялин. После допроса в военно-следственном управлении Лялин был задержан, а спустя сутки Дзержинский райсуд города удовлетворил ходатайство следствия о его аресте. Столь строгой санкции правоохранители требовали, «учитывая, что Лялин, более 40 раз выезжавший за границу на протяжении последних нескольких лет, неоднократно высказывал намерение покинуть пределы России, а также оказывал давление на участников уголовного процесса».