Семейная жизнь в прекрасном доме-дворце на Мойке складывалась счастливо. Подрастали дети – дочь Ирина (будущая жена князя Феликса Юсупова) и шесть сыновей. Помимо многочисленных семейных обязанностей, Ксения Александровна занималась благотворительностью и иными общественными делами. В 1894 г. в память ее бракосочетания открыли еще один (после Смольного и Екатерининского), институт благородных девиц, получивший название Ксенинского, для девочек-подростков полусирот из дворянских семей. Он тогда располагался в бывшем дворце великого князя Николая Николаевича на Благовещенской площади. Великая княгиня многие годы была постоянным шефом этого института. Ксения Александровна также состояла покровительницей «Специальных классов новых языков», располагавшихся в доме М.М. Бобрищевой-Пушкиной на углу Литейного проспекта и Сергиевской улицы.

Однако семейная жизнь великой княгини, начиная с 1905 г., резко меняется.

Великий князь Александр Михайлович, считавшийся образцовым семьянином, во время своего пребывания в Париже в 1906 г., познакомился с некой особой. Он даже планировал уехать в Австралию и жить там с новой пассией, занимаясь фермерским трудом. Хотя предмет новой страсти великого князя не разделял его столь романтические планы. По признанию самого Александра Михайловича, он повел себя «…как последний идиот, рассказал все жене и разрушил своим поступком сложившуюся счастливую семейную жизнь».

После тягостных для обоих супругов переговоров Ксения Александровна решила внешне все сохранить по-прежнему, хотя бы ради детей. Мужественное решение великой княгини официально сохранило семью, но проложило глубокую трещину в отношениях обоих супругов, не зараставшую до конца их жизни.

Между тем жизнь продолжалась и шла своим чередом. Подрастали сыновья, и старший сын уже готовился стать офицером. Старшая дочь, красавица Ирина, вышла замуж за князя Феликса Юсупова, унаследовавшего титулы своего отца и деда вместе с роскошным фамильным дворцом на набережной Мойки (в котором ее супруг совершит убийство императорского любимца Григория Распутина, за что будет выслан в свое Курское имение).

В 1902–1905 гг. Александр Михайлович возглавил созданное по его личной инициативе Главное управление торгового мореплавания и портов в чине контр-адмирала. С февраля 1905 г. великий князь назначается начальником отдела минных крейсеров Балтийского флота, а в 1905 г. становится младшим флагманом Балтийского флота.

Война с Японией тяжелым бременем и большим национальным горем легла тогда на Россию. Сухопутные и морские бои завершились поражением русского оружия. Оно воспринималось как национальная трагедия. В России было неспокойно. В ее городах – стачки рабочих, забастовки на фабриках и заводах. Политические стачки оказывали огромное влияние на армию и флот – опору трона. По всем флотам прокатилась мощная волна восстаний. Начало положил Кронштадт – главная база Балтийского флота.