Ранее, в 1872 г., Петр Францевич создает в своей маленькой квартирке на набережной реки Фонтанки, 18, «Домашние курсы». Вольнослушатели набивались в тесную квартиру профессора, читающего им лекции по анатомии, педагогике и разъясняющего соотношение этих наук с физическим воспитанием. Домашние курсы Лесгафта с удовольствием посещал тогда и Иннокентий Сибиряков, унаследовавший от своего батюшки-купца миллионное состояние. Молодой человек искренне заинтересовался идеями и делами профессора Петра Францевича Лесгафта, его личностью. В России в разные годы на пожертвования отдельных россиян возводились величественные храмы, приюты, больницы, школы и устанавливались памятники далеким предкам. Купеческий сын Иннокентий Михайлович Сибиряков, которого академик И.П. Павлов окрестил «просвещенным жертвователем» предложил Лесгафту «в полную его собственность» круглую сумму денег – 200 000 рублей для создания собственного учебного заведения с аудиториями, классами и научно-исследовательскими лабораториями. Мало того, в дополнение к этому профессору предлагался и большой дом стоимостью 150 000 рублей на Торговой улице, 25.
Его помещения и флигели перестроили из жилых в учебные классы, аудитории, лаборатории специалистов, занимавшихся проблемами физического воспитания. В 1906 г. П.Ф. Лесгафт преобразовал свои курсы в вольную высшую школу, в которой тогда занимались и мужчины, и женщины.
Выдающийся ученый и педагог П.Ф. Лесгафт умер в 1909 г. и похоронен на Волковом кладбище. На могиле Петра Францевича Лесгафта в 1987 г. установили гранитную стелу с бюстом ученого работы народного художника СССР, академика М.К. Аникушина и скульптора В.П. Петина, при участии архитектора А.В. Бухаева.
В год 300-летия Санкт-Петербурга на площадке парадного двора перед главным корпусом Академии торжественно открыли памятник из гранита ее основателю П.Ф. Лесгафту. Автором нового монумента стал скульптор Валентин Иванов, автор памятника Карлу Фаберже на одноименной петербургской площади, Михаилу Ломоносову в Архангельске и ряда других известных отечественных монументов. Выпускник Института физкультуры им. П.Ф. Лесгафта с особой ответственностью отнесся к этому заказу, тем более что средства на сооружение памятника собрали сотрудники и выпускники Академии. Скульптура высечена из гранитного монолита весом 20 т. На торжественное открытие памятника ректор Академии пригласил всех выпускников разных лет и ректоров спортивных вузов Европы, Азии и Америки.
В 1939–1940 гг., в период финляндской военной кампании, студенты института им. П.Ф. Лесгафта участвовали в военных боевых операциях в составе лыжных отрядов. Первыми из лесгафтовцев Героями Советского Союза тогда стали комиссар лыжного отряда Д.Ф. Балаханов и погибший в 1940 году студент института Владимир Мягков, прикрывший отход своих товарищей.