Тем не менее Мейерхольд считал свое увольнение среди сезона юридически неправильным. Он вызвал Комиссаржевскую в суд чести, обвиняя ее в хамском отношении к нему и в нарушении принятых этических правил. Комиссаржевская держалась на суде достойно, со всем своим артистическим блеском. Она признала достоинства Мейерхольда и его заслуги, но убедительно доказала всем, что деятельность главного режиссера была разорительна для труппы и гибельна для театра. Вера Федоровна напомнила суду о том, насколько упал интерес зрителей к театру в тот период, когда в нем работал Мейерхольд. Как следствие этого, в театре резко уменьшились кассовые сборы от продажи билетов. Суд чести полностью согласился с доводами актрисы и признал, что дальнейшее руководство режиссурой в лице Мейерхольда поставит под угрозу существование как самого театра, так и материальное положение его актеров.

В итоге суд посчитал заявление В.Э. Мейерхольда необоснованным, полагая при этом, что форма его увольнения из театра ни в коей мере не являлась для него оскорбительной. Решение же о его увольнении, по мнению суда, администрация была обязана принять незамедлительно, дабы спасти театр и его труппу от полного и неизбежного разорения. После отставки Мейерхольда Вера Федоровна с частью своей труппы была вынуждена отправиться на заработки и гастролировать по городам и весям России. Театр на Офицерской она оставила на попечение своего брата – Федора Федоровича Комиссаржевского, режиссером же был приглашен инициатор создания в Петербурге «Старинного театра» – Николай Николаевич Евреинов, серьезная режиссерская деятельность которого, в сущности, началась в театре В.Ф. Комиссаржевской. Здесь он поставил «Франческу да Римини» Габриэле Аннунцио, «Саломею» Оскара Уайльда, запрещенную цензурой после генеральной репетиции; «Ваньку-ключника и пажа Жеана» Федора Сологуба.

В 1909 г. Ф.Ф. Комиссаржевский организовал на базе театра Веры Федоровны совместно с Н.Н. Евреиным «Веселый театр для пожилых детей», который давал представления на пасхальной неделе. На его сцене Евреинов поставил свою пьесу «Веселая смерть».

В театр приходили письма от В.Ф. Комиссаржевской. Гастроли труппы проходили успешно. Из Баку артисты на пароходе перебрались в Среднюю Азию.

Играли в Ашхабаде, Самарканде, Ташкенте – городах, где еще никогда не гастролировали театральные коллективы со столь знаменитыми драматическими артистами.

12 февраля 1910 г. в Российское театральное общество поступила телеграмма из Ташкента со скорбным сообщением о тяжелой болезни и смерти Веры Федоровны Комиссаржевской.