Кроме того, что тондракийцы заблуждались в области догматов и морали, это движение расшатывало армянскую церковную иерархию, и противники армянской культуры в пограничных областях Армении, как явные, так и тайные, не упустили возможность использовать его. Именно поэтому Хакоб, епископ Сюника (918–959), попытался при поддержке Саака, католикоса Агуании, отделиться от армянского патриархата, заявив, что «не полагается, чтобы епископ делал подарки другому епископу (т. е. патриарху)». Такое суждение разрушало любую иерархию и было очень в духе тондракийцев. На самом же деле, как показывает Степанос Орбелян в своей «Истории Сюника», епископ Сюникский пользовался трудностями армянского патриархата (руководство армянской церкви тогда укрывалось в Васпуракане), желая перейти под начало к католикосу Агуании, который был его личным другом[371]. Но патриарх Анания действовал энергично. Он вызвал к себе католикоса Агуании Саака и епископа Сюникского Хакоба. Получив от них отказы, сам приехал в Сюник. Князья Сембат и Джеваншер Сюни (из той ветви рода Сюни, которая правила в Бахке, нынешней Шуше), оробев и смутившись, приняли патриарха с уважением в епископском городе Татев, и епископ Хакоб, лишившись их защиты, должен был покориться. Он простерся перед Ананией и этим признал, по крайней мере пока, главенство армянского патриархата.

Несмотря на эту внешнюю покорность сюникского прелата, обстановка оставалась неудобной и неспокойной. Один из друзей Хакоба, Хосров, епископ Андзевацика, остался раскольником. Но самым важным был вопрос об агуанской церкви. Эта местная церковь, имевшая своих патриархов-католикосов, формально подчинялась армянским патриархам, но ее глава, католикос Агуании Саак, явно вел себя так, словно ни от кого не зависел. Его склонность к такому поведению, видимо, усиливалась тем, что еще в конце IX века (раньше 893 г.) правитель Агуании Хамам стал носить титул царя, тем самым утверждая, что равен царям-Багратидам Армении. Агуанский католикос тоже хотел разговаривать на равных с армянским патриархом.

Видя нежелание агуан подчиниться, Анания из Мокса опять поступил активно. Агуанский патриарх Саак только что умер, его сменил его брат Гагик, который придерживался тех же взглядов (949). Анания запретил агуанам признать Гагика патриархом и согласился посвятить в католикосы лишь одного из кандидатов, Иунана, иначе Ховханнеса. Потом Иунан тоже показался ему недостойным этого сана, и Анания снова приехал в Агуанию, в округ Хачен. Там он был принят правителем Агуании Григором и созвал местный синод в Адахе, или Ардахе[372]. Он низложил Иунана, но отказался вернуть на патриарший престол Гагика, хотя за того заступался Григор. Гагик до самой своей смерти (958), несмотря на ярые угрозы первосвященника, оставался митрополитом Агуании. Видимо, то же произошло в Сюнике, где Васак, князь (потом царь) Восточного Сюника, и Джеваншер, князь Бахка (Шуши), поддержали епископа-раскольника Хакоба, что позволило тому до самой своей кончины (тоже случившейся в 958 г.) оставаться на кафедре в Татеве. Мы еще узнаем, как после исчезновения этих двух мятежников Анания уже в том же 958 году сумел наконец подчинить сюникскую и агуанскую церкви.