Зачистка врагов Дофина продолжалась несколько дней. Была создана комиссия из десяти человек, большинство из которых были профессиональными судьями, для поиска и наказания сторонников проигравшего восстания. Шарля Туссака и Жоссерана де Масона за несколько часов до въезда Дофина в город протащили на волокушах от Шатле до Гревской площади и обезглавили перед ратушей. Пьер Жиль, возглавлявший парижскую армию при Гонессе и Мо, был обезглавлен на площади Ле-Аль два дня спустя. Вместе с ним был казнен Жиль Кайяр, рыцарь-перебежчик, который удерживал Лувр для Этьена Марселя. В течение следующих нескольких дней последовала череда казней мелких деятелей. Другие погибли безвестно, став жертвами государственной или частной мести. Мы не знаем, какие преступления заставили Дофина заточить Жана Бовуазена в подземную темницу до самой смерти. Мишель де Сен-Жермен, давний враг братьев Брак, специалистов Дофина по чеканке монет, был доставлен в Шатле и утоплен без суда, протокола и исповеди. На каждого погибшего приходились десятки других, на которых доносили соседи или враги за реальные или мнимые связи с восстанием. Многие бежали, или проводили недели в тюрьме, или вынуждены были просить о помиловании, чтобы спасти себя. "Это слишком не вовремя и слишком опасно", — сказал один из сочувствующих, отворачиваясь от гонца, который принес ему письмо от короля Наварры в самый разгар проскрипций. Этот человек, был каноником Сент-Шапель, и уже был однажды арестован, и подвергнут конфискации имущества. Роберт де Корби, радикальный представитель Амьена в Генеральных Штатах, был найден скрывающимся в доме приходского священника церкви Сент-Женевьев и доставлен в Шатле. Жан Марсель, сыгравший весьма незначительную роль в восстании своего брата, некоторое время находился в тюрьме, но в конце концов был помилован и освобожден. У многих других конфисковали имущество и раздали друзьям и министрам Дофина, а также быстро растущей группе временщиков и подхалимов, которые собирались вокруг них. Среди пострадавших от репрессий были и совсем незначительные мятежники: сержант стражи, оценщик, который оценивал конфискованное имущество жертв Марселя, человек, которого видели в шапероне красно-синих цветов и различные болтуны, которые произносили проклятия в адрес Дофина[578].

10 августа 1358 года была объявлена всеобщая амнистия. Она распространялась на город Париж и всех его жителей, за исключением только тех, кто состоял в тайных Советах Этьена Марселя. Но к тому времени почти все, кто входил в тайные Советы Марселя, были мертвы. Из главных деятелей восстания только Роберту Ле Коку удалось бежать из города. Последней жертвой чистки стал Тома де Лади. Будучи рукоположенным священником, он не мог быть приговорен к смерти. Но его держали под стражей и долго допрашивали о делах Карла Наваррского с момента его побега из Арле. Его заставили сделать экстравагантное признание, часть которого он должен был произнести публично перед Дофином и большой аудиторией приглашенных зрителей. Затем, 12 сентября, его вывели из королевского дворца, чтобы перевести в епископскую тюрьму. Когда он вышел со своими охранниками на улицу де ла Барильери, на него напала банда поджидавших убийц, и забила до смерти. Его гибель, несомненно, была очень удобной и, вероятно, заранее организованной. Тело Тома де Лади пролежало несколько часов на улице под проливным дождем, пока с наступлением вечера не было оттащен на набережную и брошено в Сену[579].