Одним из последствий стало опустение к концу XVI века некогда населенных земель; отчасти это было связано с особенностями подсечно-огневого земледелия, но во многом – с социальными потрясениями. Крестьяне бежали, стремясь попасть к богатейшим землевладельцам, с которыми им было лучше, либо в приграничье, чтобы ни от кого не зависеть. В середине 1580-х 83 % всех поселений на северо-западе страны лишились жителей. Особенно сильно пострадали города: население посадов росло в первой половине XVI столетия, но сократилось на 61 % в 1550–1580-х годах и еще на 45 % в 1580–1610-х. Возьмем для примера Новгород: здесь в 1582 году, согласно переписи, числилось всего 122 обитаемые городские усадьбы, тогда как 1300 были заброшены из-за смертей и обеднения жителей.

Многие крестьяне оказывались должниками своих господ, и некоторые исследователи утверждают, что закрепощение было по преимуществу экономическим процессом, следствием неизбежного роста задолженности. Конечно, долги сыграли свою роль. Закладничество – выдача краткосрочных займов – широко распространилось в последние десятилетия XVI и начале XVII века; государство старалось бороться с этим явлением, запрещая дворянам и горожанам становиться закладчиками (заемщиками), так как первым это мешало нести воинскую службу, а вторым – уплачивать налоги. Были разновидности долговых обязательств, которые вели к фактическому порабощению – человек становился холопом. Заемщик попадал в кабалу на тот или иной срок и был вынужден отрабатывать долг личной службой. Согласно указам 1586 и 1597 годов, такое кабальное холопство прекращалось лишь со смертью заимодавца, что ухудшало положение должников, но зато стабильно обеспечивало дворян рабочей силой. Существовали и другие виды холопов, всего же, по оценкам историков, к этой категории принадлежало до 10 % населения Московского государства. Военнопленные также становились холопами, но в основном это были русские, отдававшие себя в кабалу из-за бедности. Ричард Хелли считает холопство в Московском государстве своеобразной системой социальной поддержки. Холопы использовались в качестве домашней прислуги, работали в поле, отправлялись вместе со своим господином на войну (даточные люди). Часто они жили бок о бок с крепостными, в деревне или усадьбе землевладельца, официально являлись собственностью своего владельца и не несли тягла, но при этом не смешивались с остальным населением. После введения подушной подати (1723) холопство было упразднено, а все холопы превращены в податных крепостных крестьян.