Доля горожан в населении России была меньше, чем в соседних странах. На 1678 год зафиксировано всего 185 тысяч горожан мужского пола, или 2 % от всего населения (в Западной Европе примерно тогда же – 12,4 %). Кроме того, русские города возникли сравнительно недавно. Города Османской империи вели свою историю с античных времен, европейские – со Средневековья, в центре России же древнейшие города возникли в XII веке, при этом постоянно основывались новые. На начало XVI века в Московском государстве было около 130 городов, а к концу столетия, в связи с покорением Казани, Астрахани и Западной Сибири, появилось более 80 новых. Все они поначалу являлись укрепленными форпостами, но постепенно стали локальными центрами торговли, обзавелись ремесленниками и рынками. Рост городов возобновился и ускорился после Смутного времени, к концу XVI столетия были основаны или приобретены в ходе территориальной экспансии 110 новых, в том числе в Сибири, но главным образом в южном и юго-западном степном приграничье.
В результате большинство городов империи были небольшими – менее 5000 жителей; 15-тысячный рубеж к концу XVII века перешагнула одна Москва. Этому способствовало наличие крепостного права: деревни производили почти все необходимое для помещика и собственных нужд, спрос на городские товары был невысоким. Русские города выполняли по преимуществу военные, а не торговые функции. Все они являлись административными центрами, служа местопребыванием воевод, следивших за сбором налогов, состоянием обороны, уголовным судопроизводством. В остальном же города имели главным образом военное значение, торговля и ремесла были слабо развиты и часто контролировались военными (стрельцами, казаками, пушкарями), а не горожанами в строгом смысле слова. Как показал Дж. Хиттл, население городов западного приграничья в XVII столетии на 71,2 % состояло из военных, на южной и восточной границах этот процент был еще выше (85,3 и 87,3 % соответственно). Города в центральных областях и на пересечении основных торговых путей являлись торгово-административными центрами, соответственно, доля военных среди жителей была ниже (23,6 % на севере и лишь 13,9 % в Центральной России).
В городах с хорошо налаженной торговлей насчитывалось множество лавок, где продавали товары, закупавшиеся оптом у мелких сельских торговцев или производившиеся в самом городе. Русские города раннего Нового времени отличались от западноевропейских тем, что здесь не наблюдалось тенденции к возникновению крупномасштабной промышленности; значительные мануфактуры появлялись в сельской местности, благодаря близости к источникам сырья, наличию рабочих рук и часто – покровительству помещиков. Мелкое ремесленное производство в городах было представлено многими направлениями: здесь работали плотники, портные, кожаных дел мастера, производители свечей и мыла, гончары, прядильщики. Товары обычно продавали в «рядах», каждый из которых имел особую специализацию: в Новогороде (1583) было 1800 лавок в 42 рядах, во Пскове (1586) – 1230 лавок в 35 рядах; в Казани (конец XVI века) – 368 лавок и 240 мелких торговцев. В крупнейших центрах торговли проживало немало ремесленников: в Москве – 2367, в Новгороде – 2000 (то и другое на 1638 год); в Ярославле, важном таможенном центре Верхнего Поволжья, в 1670-х годах насчитывалось около 2000 ремесленных дворов. Но в большинстве городов картина выглядела менее впечатляющей: Нижний Новгород, Вятка, Кострома, Вологда – около 1000 ремесленников или чуть больше, Серпухов с его железоделательными мастерскими – всего 331 ремесленный двор.