Положение лютеран в империи было вполне благополучным. В XVIII веке существовало восемь епископств, самая многочисленная паства была в Эстляндии и Лифляндии (а также в Курляндии, присоединенной в 1795 году). Основную массу лютеран составляли немецкоязычные дворяне и бюргеры в городах, латышско- и финноязычные крестьяне в сельской местности. В 1710 году жителям прибалтийских земель гарантировали сохранение традиционных институтов и социальных привилегий, включая систему местного управления, где господствовала знать, и представительные учреждения (а также крепостное право для эстонских и латышских крестьян), самоуправление городов, права евангелическо-лютеранской церкви с ее епархиями, приходами, школами, где дети получали начальные знания и узнавали об основах вероучения. Прибалтика в целом и местная лютеранская церковь в частности находились под надзором – довольно слабым – Юстиц-коллегии лифляндских, эстляндских и финляндских дел, созданной около 1720 года. В ведении этой коллегии находились суды немецкого права, гражданская администрация, финансы, налогообложения, отношения между крестьянами и помещиками; в основном она лишь закрепила преобладание немецкоязычной знати в общественной жизни Прибалтики. Ни екатерининские реформы, ни их частичная отмена Павлом не затронули первенствующего положения лютеранской церкви в этих землях.

Лютеранство распространялось и в других регионах страны. Крупные общины и приходы существовали в Москве, Санкт-Петербурге, Казани, Астрахани и многих других торговых центрах. Немало финноязычных лютеран проживало в Карелии; тысячи приверженцев этой религии населяли 117 немецких колоний в Самарской и Саратовской губерниях. Около трех четвертей немецких колонистов в Поволжье были лютеранами, остальные – католиками и реформатами. Колонисты сохраняли немецкий язык, одежду, повседневные обычаи, избегая контактов с русскими и ассимиляции. Пасторов туда присылали преимущественно из Прибалтики (Дерптский университет готовил священнослужителей, занимался публикацией богослужебных и вероучительных текстов на немецком языке), а также из Швейцарии, Саксонии, Пруссии и Голландии. Члены общин регулярно посещали воскресные богослужения, содержали приходские школы. Вся жизнь общины строилась вокруг прихода.

В течение XVIII века так и не появилось отдельного государственного учреждения, которое надзирало бы за этими лютеранскими общинами, но при Николае I лютеранская церковь оказалась в ведении Департамента духовных дел иностранных исповеданий Министерства внутренних дел. Была создана всеимперская административная структура из пяти консисторий – три в Прибалтике, по одной в Москве и Петербурге; лютеране, проживавшие в городах империи и в Поволжье, поступили под контроль одной из этих последних. Консистории, в свою очередь, делились на епископства и группы приходов. Лютеранские школы продолжили существовать при новой структуре.