Того же дни привели к Москве гетмана Гонсевского, полковников, и ротмистров, и стольников королевских, и языки многие, что взял боярин и воевода князь Юрий Алексеевич Долгоруково с товарищи. А гетмана Гонсевского вели Москвою пешего…»

За победу над Гонсевским воеводе были пожалованы: шуба бархатная золотая, кубок, сто рублей «придачи к окладу» и в вечное владение село Писцово с деревнями в Костромском уезде. В феврале 1659 г. Юрий Долгоруков впервые был записан в дворцовых разрядах в списке бояр, удостоенных чести быть у царского стола, первым, на месте отсутствовавшего Алексея Никитича Трубецкого, тем самым сравнявшись с ним «честью».

И, наверное, это было справедливо. Эти воеводы одержали самые громкие и значительные победы войны – на речке Шкловке над Радзивиллом и у села Верки над Гонсевским, победы, которые и определили успех всей кампании 1654 и 1658 гг. Царю было за что «жаловать» лучших своих воевод!

В 1659 г., весной, Юрий Долгоруков «сидел» вместе с думным дворянином Иваном Баклановским «в Пушкарском приказе». Излишне напоминать, каким важным был этот пост во время войны. Но недолго пробыл воевода в Москве. Летом ему снова предстояла «полковая служба», на этот раз – на южной границе.

А обстановка на юге становилась угрожающей. Осенью 1658 г. гетман Иван Выговской заключил Гадячский договор о передаче Украины под власть Польши. Король обещал прислать ему десять тысяч наемных солдат. Выговской договорился также о совместных военных действиях с крымским ханом. Почти стотысячное казацко-крымское войско подошло к Киеву. Целый день под городом шло ожесточенное сражение. Воевода Шереметев это сражение выиграл, казаки и крымские татары бежали, бросив сорок восемь знамен и двадцать пушек. Но гетман и его союзник крымский хан продолжали угрожать южной границе России. Казачьи «полковники», сторонники Выговского, удерживали Рославль, Мстиславль, Старый Быхов, Чаусы и другие города. Центр войны явно перемещался на юг. Потребовался опытный воевода, способный возглавить все военные операции на южном рубеже и разобраться в «украинских делах». Таким воеводой мог быть только Алексей Никитич Трубецкой.

Летом и осенью Трубецкой находился в Москве. По записям дворцовых разрядов, 6 июля, при приеме в царском дворце грузинского царя Таймураза, «в третьей встрече, вышед из Грановитой палаты в сенях у дверей, боярин князь Алексей Никитич Трубецкой», затем в Золотой палате он сидел вместе с двумя царями «в большом столе». Ему же было указано грузинского царя «потчивать у него на дворе». Фактически Трубецкой возглавил переговоры с грузинским посольством.