Тогда же Трубецкой вынужден был принять самое деятельное участие в конфликте между царем Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном. Когда Никон, пытаясь воздействовать на царя, неожиданно и публично отказался от патриаршества, уговаривать и успокаивать строптивого патриарха отправился «самый сановитый боярин» Алексей Никитич Трубецкой. Никон вручил ему письмо к царю с изложением всех своих претензий и остался в соборе – ждать самого царя. Но снова пришел Трубецкой с устной просьбой Алексея Михайловича. Разобиженный Никон уехал в Воскресенский монастырь (Новый Иерусалим). 12 августа в Новый Иерусалим отправились доверенные царские послы – боярин Алексей Трубецкой и дьяк Ларион Лопухин. Как сумел уломать Трубецкой строптивого патриарха – неизвестно, но послы добились от Никона «благословения» не только царю, но и тому иерарху церкви, который будет поставлен на патриаршество. По существу, это стало полной капитуляцией недавно всесильного Никона.

Да, был и такой занятный эпизод в жизни боевого воеводы и ближнего боярина Алексея Никитича Трубецкого…

А после этого – назначение командующим всеми войсками на южных рубежах. Были составлены подробные «росписи разных чинов ратных людей», которые «в Черкасских городах с боярином нашим и воеводами, со князем Алексеем Никитичем Трубецким с товарищи были на нашей государевой службе». Был разработан подробный «наказ» Трубецкому, в котором стояла задача огромной военной и дипломатической сложности: твердо поставить Украину «под руку» царя!

В дворцовых разрядах 1659 г. записано:

«Месяца января в 13 день послал государь в Севск боярина и воеводу князя Алексея Никитича Трубецкого, да думного дьяка Лариона Лопухина, дьяка Федора Грибоедова. А ратным людям указал государь с ним быть дворянам московским и жильцам, и дворянам городовым; а срок указано им стать в Севску февраля 1 числа.

А собрався с ратными людьми, ведено итти в Переславль, уговаривать черкас, чтобы они в винах своих ему государю добили челом, а государь их пожалует по прежнему.

А будет добьют челом и вины свои принесут, ко кресту привесть и выбрать инаго гетмана; а будет они в винах своих ему государю не добьют челом и будут непослушны, итти на них войною…»

Ровно через два дня воевода Трубецкой с войском выступил из Москвы. Военные историки предполагают, что в его распоряжении находилось до ста пятидесяти тысяч пехоты и конницы, множество пушек; возможно, эти данные завышены, но то, что армию собрали большую, – несомненно, ведь ей предстояло идти в глубь Украины до самого Переславля, сражаться не только с казачьими полками гетмана Ивана Выговского, но и со стотысячной конницей крымского хана.