Организация войска в XV в. оставалась прежней. Для похода и боя войско делилось на полки: сторожевой (передовой), большой, правой и левой руки и засадный («западной»).
Командовали полками воеводы полковые, которых назначал великий московский князь. На каждый полк назначалось несколько воевод, один из которых был главным, а остальные находились «под ним». Местничество отрицательно сказывалось на организации командования, так как назначения воевод происходили не на основе учета их военных качеств, а по знатности происхождения.
Общее командование «государь всея Руси» оставлял за собою и осуществлял лично или назначал большого воеводу, что обеспечивало единство командования, хотя и не во всех случаях. Так, например, в Казанском походе 1469 г. воеводы «нслюбье держали между собою, друг под другом идти не хотели» и это явилось одной из причин неудачи похода.
В поход воины выступали со своими запасами продовольствия, которое перевозилось на вьючных лошадях, а также на подводах и судах. Громоздкие обозы сильно стесняли действия войск. Когда продовольствия не хватало, часть рати распускалась на определенный срок за кормами. Так, в 1477 г. под Новгородом Иван III приказал воеводам отпустить на десять дней за кормами половину состава каждого полка.
В XV в. при Иване III заново были построены каменные стены Московского Кремля с башнями. Подступы к крепостной стене преграждали реки Москва и Неглинка и глубокий ров, наполненный водой. На стенах были установлены пушки. Кремль превратился в сильную крепость.
Одновременно укреплялись города, расположенные на подступах к Москве, деревянные стены заменялись каменными. Волок-Ламский, Можайск, Серпухов, Тула, Коломна, Городец, Муром, Нижний-Новгород, Владимир, Троицкий монастырь – все эти города являлись опорными пунктами кольцевой обороны основной территории великого Московского княжества.