Третий воевода большого полка являлся первым воеводой у «наряда», которому подчинялись два-три дьяка, а также второй и третий воеводы у наряда. В 1549 г. в летописи упоминаются головы у наряда, которых насчитывалось от 6 до 14 человек в рати. Наряд состоял из трех частей: собственно наряд (50—150 орудий) под командованием 3–9 голов, обоз (ядра, порох, пушечный припас) под начальством 2–3 голов, посоха (рабочая сила для дорожных, мостовых работ и для работ при установке орудий) под начальством 1–2 голов.
Для управления начальники имели небольшие медные барабаны, привязанные к седлам. Воевода имел «набат» (большой барабан), в который били сразу восемь человек.
В XVI в. сложились и высшие военные учреждения, которыми были приказы: поместный, разрядный, стрелецкий и пушечный. В поместном приказе велся учет «дачи» поместий. Разрядный приказ ведал учетом служилых людей, прохождением ими службы и составлял расчеты потребных сил и средств для каждого похода. Стрелецкий приказ распоряжался стрельцами и городовыми казаками. Пушечный приказ (первое его упоминание в летописях встречается в 1577 г.) ведал артиллерийскими и инженерными делами; в 1585 г. он именуется пушкарским приказом.
В середине XVI в. была сделана попытка ослабить влияние местничества. В «Приговоре 1550 г.» было записано, чтобы в полках князьям, княжатам, дворянам и детям боярским быть на службе с боярами и воеводами «без места». Этим самым отменялось местничество между рядовыми воинами и рядовых воинов со своими воеводами. Однако местнические счеты между воеводами не упразднялись, был только определен порядок подчинения воевод. Большой воевода командовал большим полком и являлся командующим всей ратью. Первые воеводы остальных полков стояли ниже большого воеводы, т. е. подчинялись ему, но были равноправны между собой и со вторым воеводой большого полка, за исключением воеводы полка левой руки, который стоял ниже, т. е. имел меньшие права, чем воевода полка правой руки. Определением подчиненности местнические споры сокращались, но не упразднялись.
Когда объединялись две рати, то полки соответственно сливались: большой с большим, передовой с передовым и т. д. и назначались соответствующие воеводы.
В командование ратью большой воевода вступал на основании царского наказа, который составлялся в разрядном приказе. В наказе указывались цель и маршрут похода, время и место сборов полков и сборный пункт всей рати, а также мероприятия по материальному обеспечению. Одновременно с наказом воевода получал «разряд», в котором ратные люди и воеводы были расписаны по полкам, стрелецким приказам, наряду и гуляй-городу.