Во время этого визита, прошедшего в начале июля 1962 года, и ряда встреч с Н. С. Хрущевым и Р. Я. Малиновским был согласован текст секретного договора о размещении советских Вооруженных Сил на территории Республики Куба. Сам Р. Кастро предлагал придать ему гласный и официальный характер, однако Москва не пошла на этот шаг. И в результате, парафировав данный договор, он повез его в Гавану для согласования со своим братом и другими членами высшего кубинского руководства. И только после этого, уже в конце августа того же года, в Крымскую резиденцию Н. С. Хрущева прибыла новая делегация кубинцев во главе с Эрнесто Че Геварой, которая привезла ему отредактированный текст этого договора. Однако он так и не был подписан, поскольку Н. С. Хрущев почему-то побоялся дать козыри в руки противников Дж. Кеннеди на промежуточных выборах в Конгресс США, и это дело ограничилось только публикацией совместного Коммюнике, а вся дальнейшая работа шла уже исключительно на базе устных договоренностей между Москвой и Гаваной[611].
Между тем, как свидетельствуют очевидцы, в частности генерал А. И. Грибков[612], уже в конце мая 1962 года, сразу после окончания заседания Совета Обороны СССР, его секретарь начальник Главного Оперативного управления Генштаба ВС генерал-полковник Семен Павлович Иванов дал указание своим подчиненным в строго секретном режиме срочно готовить план операции по переброске советских войск на Кубу. В рамках ГОУ ГШ был даже создан специальный отдел во главе с полковником И. Г. Николаевым, который уже к 10 июня представил подготовленный план такой операции, получивший кодовое название «Анадырь». Причем ввиду особой спешки он был принят без утверждения в вышестоящих инстанциях и после получения согласия Ф. Кастро стал быстро претворяться в жизнь.
В тот же день, 10 июня 1962 года, состоялось заседание Президиума ЦК, где после подробного доклада Ш. Р. Рашидова о его визите на Кубу министр обороны маршал Р. Я. Малиновский доложил план операции «Анадырь», согласно которому на Кубе создавалась новая Группа советских войск (ГСВК) численностью 50 870 человек. Командующим этой Группой был назначен очень опытный военный генерал армии Исса Александрович Плиев, возглавлявший Северо-Кавказский военный округ, а его заместителем стал генерал-лейтенант Павел Борисович Данкевич, который до этого командовал 43-й (Винницкой) ракетной армией. В состав этой группы вошли 51-я сводная ракетная дивизия генерал-майора И. Д. Стаценко, на вооружении которой находились 40 ЗРК с 36 ракетами Р-12 и 24 ракетами Р-14, снабженными ядерными боеголовками; четыре отдельных мотострелковых полка — 302-й, 314-й, 400-й и 496-й, — каждый из которых по своему составу де-факто был мотострелковой бригадой; 10-я зенитная и 11-я зенитно-ракетная дивизии ПВО, в составе которой были 12 ЗРК С-75 со 144 тактическими ракетами; 32-й гв. истребительный авиационный полк в составе 42 новейших моделей фронтовых истребителей МиГ-21; 437-й отдельный вертолетный полк в составе 33 вертолетов Ми-4; 561-й и 584-й полки крылатых фронтовых ракет и другие части и соединения. Причем для обучения кубинских летчиков на остров Свободы была направлена группа советских асов из Кубинского авиацентра во главе с маршалом авиации Евгением Яковлевичем Савицким. Кроме того, предполагалось сформировать в морской акватории Кубы отдельный 5-й флот ВМФ во главе с вице-адмиралом Георгием Семеновичем Абашвили. В состав этого флота вошли 36 надводных и подводных кораблей, в том числе 2 крейсера «Михаил Кутузов» и «Свердлов», 4 ракетных эсминца «Гневный», «Бойкий», «Светлый» и «Справедливый», бригада из 12 скоростных ракетных катеров проекта «Комар», 7 дизельных ракетных подлодок проекта 629 и 4 дизельных торпедных подлодки проекта 641, а также отдельный минно-торпедный авиационный полк в составе 33 бомбардировщиков Ил-28. Для переброски сухопутных войск и боевой техники по прямому указанию Президиума ЦК Министерство морского флота СССР во главе с Виктором Георгиевичем Бакаевым предоставило Министерству обороны СССР 85 транспортных, торговых и пассажирских судов.